Fue organista de Santa María della Consolazione desde 1623 hasta 1629, y de San Giovanni in Laterano desde 1638 hasta 1641. En los años intermedios probablemente fue maestro di capella del Seminario Romano. También atendía los órganos de Santa María della Consolazione (1623–41), San Giovanni in Laterano (1628–41), San Apollinare y Santa María Maggiore (ambos entre 1633–41). Doni lo llamaba un ‘excelente organista' y alabó un organillo portátil que había fabricado.

Edición discográfica con una obra de Nicolò Borboni

Según Simone Verovio, cuyo alumno puede haber sido, expuso el método de impresión de grabado con planchas de cobre en una serie de libros de música publicados entre 1615 y 1637. El volumen de éstos comprendió varias ediciones, siete en total, de los dos volúmenes de toccatas de Frescobaldi (y otras piezas), en los que el grabado de los frontispicios fue hecho por Cristoforo Bianchi. Como todas las producciones de Borboni, ellos son exactos y elegantes, con decoración atractiva, y no menos admirables que los trabajos del propio Verovio.

Otra de las producciones de Borboni que él mismo grabó, fue su propio "Musicali concenti… libro primo" (Roma, 1618 o quizás 1619) para una y dos voces y continuo, su única colección conocida de música. Contiene 26 piezas, todas menos tres para voz sola; comprenden seis madrigales, ocho canzonettas, seis escenas de soneto, tres arias eutróficas de bajo y tres escenas de octava sobre la romanesca, todas formas populares de música de cámara vocal italiana en esa época. Puesto que Borboni era un melodista mediocre las canzonettas son las piezas menos interesantes, pero muchas de las otras, que dependen menos para su efecto de la melodía, incluyen una buena cantidad de escritura ingeniosa, en particular un poco de embellecimientos imaginativos cuidadosamente escritos, que parecen haber sido influenciados por los de Caccini. Algunas piezas incluyen ritornellos para un instrumento de teclado. Una sola canción y un dúo de Borboni también sobreviven. Grabó los volúmenes de "Salmi passeggiati" (1615) de Francesco Severi, y quizás también "Toccate e correnti" de   Michelangelo Rossi.