Parece haber buscado un puesto similar en Cambrai en 1613, cuando ofreció al capítulo catedralicio de allí un volumen encuadernado de sus misas; ahora está perdido, aunque puede haber sido una primera edición de la "Missae tredecim". Un poema en latín en alabanza a él, impreso en esa colección en 1619, nos dice que había recibido el primer premio en el 'puys de musique' realizado en Rouen, Evreux y Abbeville, y en la página de título es descrito como 'maître de musique' del coro de niños de la  Catedral de Amiens; Fétis informa que había dejado San Quentin en 1618 y había servido brevemente en un cargo similar en Abbeville, antes de trasladarse a Amiens en 1619.

Edición discográfica con una obra de Jean de Bournonville

A fines de 1631 fue nombrado director de la escuela de coro de la Sainte Chapelle, y el 3 de enero de 1632 se instaló allí 'en los sitiales de coro más bajos a mano derecha, no siendo sacerdote'. Que él, como laico, fuese ubicado en tal puesto era un tributo a su categoría como compositor, pero cinco meses después había muerto. Sus contemporáneos alababan su gentil comportamiento tanto como su talento musical, y más de diez años después de su muerte Gantez lo citaba como un ejemplo. Sus alumnos incluyeron a su hijo Valentin y a Artus Aux-Cousteaux. 

Bournonville compuso principalmente música de iglesia a cappella sobre textos latinos para el uso litúrgico -misas, salmos, himnos, antífonas a la Virgen, música de Magnificat y motetes- pero también, en los "Cinquante quatrains", publicó música de adagios morales franceses. Era un contrapuntista excelente y manejaba con facilidad, incluso elegancia,  la escritura imitativa, especialmente en sus misas y en los "Cinquante quatrains": su contrapunto es vivo y espontáneo, y sus líneas melódicas, que son generalmente silábicas, son muy  similares a las encontradas en chansons, especialmente de Janequin.

Las misas en "Missae tredecim" están a veces basadas en un cantus firmus Gregoriano (“Ave maris stella”, “Ave María”, “Heu mihi”, “In nomine Jesu”), y a veces sobre la melodía de una chanson (“Le rossignol”, “Dessus le marché d´Arras”, e incluso "La guerre françoise", que estaba inspirada por "La bataille de Marignan" de Janequin): el último procedimiento infringió claramente los recientes decretos del Concilio de Trento.