En 1586 se matriculó en la Universidad de Rostock, donde sus maestros académicos incluyeron, entre otros humanistas ampliamente instruidos, el matemático y profesor de medicina Henricus Brucaeus. Recibió el grado de maestro en 1593. Desde la Pascua de 1589 estaba entre el personal de la escuela de la ciudad de Rostock y era Kantor, primero de la Nikolaikirche, posteriormente, desde el otoño de ese año, de la iglesia principal, la Marienkirche; desde 1593 hasta su muerte fue maestro regular (collega classicus).

Edición disccográfica con una obra de Joachim Burmeister

Ninguna de sus obras publicadas data de sus cuatro años como Kantor. No escribió ningún manual de canto escolar, porque su objetivo era recobrar para la música su justo lugar entre las ciencias. Puso énfasis en la conexión entre las tres partes de la teoría de la música y la dependencia de la música práctica y la música poética de la música teórica; no obstante  puso la mayor parte del énfasis en la enseñanza de la composición,  que desarrolló a través de tres tratados publicados. Por ejemplo, su lista importante de 22 figuras musicales retóricas en "Hypomnematum musicae poeticae" (1599) creció a 25 en "Musica autoschediastik?". (1601) y a 26 en "Musicae poeticae" (1606). Se alteraron las definiciones de algunas figuras substancialmente, y los ejemplos musicales a veces se pusieron más específicos, a veces menos. Musica autoschediastik?  es por lejos el más extenso de los tres tratados, incluyendo temas tales como los modos y género antiguos, afinación, medición, transposición y el arte de cantar. El término autoschediastik? (significando ‘improvisación') al parecer se refiere a la casual organización del volumen; la improvisación musical no es tratada.

Aunque fue claramente un precursor importante de la teoría triádica, nunca usó el término 'tríada' en el texto principal de sus tratados. Sin embargo, en "Hypomnematum musicae" incluyó un poema que exalta las manifestaciones de ciertos misterios de la Tríada Divina (triados mysteria diae), la Trinidad.   Burmeister es justamente famoso por su aplicación de la doctrina retórica a la música. La última publicación de Burmeister, "Musica theorica" (1609), se preocupa del cálculo matemático de los intervalos y está basado en el manuscrito de una conferencia de su maestro Henricus Brucaeus, con un extenso comentario para cada sección.  

Como compositor, Burmeister está en un nivel más bajo que otros teóricos importantes como Zarlino y Michael Praetorius. Su colección de 1601 contiene 91 armonizaciones de melodías de himnos y unas pocas canciones sacras escolares y música de Benedicamus de otros compositores. Los cuatro motetes que Burmeister compuso como ejemplos del género cromático y los tres tipos de contrapunto (aequale, fractum y coloratum) en las primeras dos versiones de su teoría de la composición están modeladas en Orlando de Lassus.

Fue uno de los principales teóricos alemanes de su tiempo y uno de los más influyentes, sobre todo por su trabajo sobre las figuras retóricas en la música.