Fue uno de los cuatro hijos de Johann Henricus Buttstett, pastor en Bindersleben que había sido educado en la Universidad de Erfurt. Recibió su primera educación en Bindersleben, y a la edad de 15 años fue enviado a la Erfurt Ratsschule. Ya en 1678 empezó a estudiar con Johann Pachelbel, organista de la Erfurt Predigerkirche. El primer nombramiento de Buttstett como organista fue en 1684 en la Reglerkirche, donde también enseñó en la escuela de la iglesia. En 1687 ocupó cargos como organista y maestro de latin en la Kaufmannskirche y en la escuela, y en julio de ese año se casó con Martha Lämmerhirt de Erfurt, una prima lejana de la madre de J. S. Bach. Su matrimonio produjo diez hijos entre 1688 y 1704 entre quienes estaba Johann Samuel, probablemente el padre del compositor clásico Franz Vollrath Buttstett.

Edición discográfica de "Preludios corales para órgano" de Johann Buttstett

En 1690 Pachelbel dejó vacante su puesto en la Predigerkirche; fue ocupado hasta 1691 por otro de sus estudiantes, Nicolaus Vetter, y luego, el 19 de julio del mismo año, por Buttstett. En este cargo Buttstett se convirtió en el organista principal de la ciudad; recibió el título de Ratsorganist en 1693, y empezó una carrera distinguida de 36 años tocando y componiendo música vocal y para teclado. También ocupó un puesto en el órgano de una de las iglesias católicas de Erfurt y escribió música de teclado así como misas para el servicio católico. Al igual que Pachelbel, Buttstett reunió a su alrededor a varios estudiantes de órgano, incluyendo al gran lexicógrafo, organista y compositor Johann Gottfried Walther.

La vida y la carrera de Buttstett son típicas de muchos músicos alemanes de fines del siglo XVII. Era un erudito y figura talentosa que tomó parte en el medio turingio-sajón y enseñó a varias generaciones de compositores que vivían en esta región central pero un poco aislada de Alemania. Sus composiciones de teclado que muestran la influencia de Pachelbel incluyen varios preludios corales y un volumen de música para teclado, el "Musicalische Clavier-Kunst", que contiene una amplia variedad de preludios, fugas, ricercares, movimientos de danza y un aria con 12 variaciones. No logró tener éxito en su plan para publicar varios volúmenes de música de teclado similares, aunque declarara que tenía disponibles en manuscrito centenares de grandes fugas y ricercares, así como 1000 fughettas, preludios cortos y toda clase de fantasías, pues estas obras eran usadas en el servicio católico. Ninguna de esta música parece existir.

Tan importante como sus obras para teclado son como ejemplos de la influencia continua del estilo musical de Pachelbel en Alemania central, la mayor significación de Buttstett en la historia de la música está contenida en su notable desacuerdo publicado con Johann Mattheson. En "Ut, mi, sol, re, fa, la, tota musica et harmonia aeterna" (1716), Buttstett atacó el primer gran tratado de Mattheson, "Das neu-eröffnete Orchestre" (Hamburgo, 1713). En ese trabajo Mattheson se distanciaba de la teoría tradicional alemana del pasado elogiando los estilos franceses y la música secular italiana. Buttstett, en cambio, permanecía en el lado opuesto del mundo musical, y creía que sólo en el pasado podía encontrarse la verdad musical. Por esta razón, condenó casi todas las facetas de "Das neu-eröffnete Orchestre": por encima de todo, como el título de su trabajo implica, se burlaba del descrédito de Mattheson hacia Guido de Arezzo y su sistema de solmización. Criticó el abandono de los modos griegos, la glorificación del oído como único  juez de las cuestiones musicales, y lo que él pensaba eran conceptos incorrectos de Mattheson sobre los estilos musicales. En suma, creía que Mattheson estaba llevando a los músicos al  caos abandonando las reglas de la música que habían sido válidas por más de 100 años. Buttstett, sin embargo, no fue contrincante para su famoso colega de Hamburgo que en 1717 publicó "Das beschützte Orchestre", en el que rebatió la mayoría de los argumentos de Buttstett con devastadora sátira y a menudo inteligente lógica.