Cabanilles comenzó su carrera musical probablemente como cantante del coro en la iglesia local. Más tarde estudió para sacerdote en la catedral de Valencia, estudios que incluían una formación musical. El 15 de mayo de 1665, con 20 años, fue nombrado segundo organista de la catedral, recibiendo la "Prima clerical tonsura" para poder tomar posesión del cargo. Un año más tarde, tras la muerte de su predecesor Andreu Peris, se convierte en primer organista. El 22 de septiembre de 1668 fue ordenado sacerdote. Mantuvo su puesto de primer organista durante 45 años, pero a partir de 1703 su salud provocó que fuera sustituido a menudo. De 1675 a 1677 también se encargó de la formación de los jóvenes del coro de la catedral.

Edición discográfica de obras de Joan BaptistaJosé Cabanilles

Su obra para órgano es un resumen de todas las corrientes anteriores, al mismo tiempo que abre nuevos cauces a los futuros compositores. Cabanilles es el último de los organistas místicos españoles, encontrándose en sus obras el germen de la nueva forma musical: la sonata.

La Biblioteca de Cataluña, poseedora de casi todos los manuscritos de las obras de Cabanilles, ha publicado diversos volúmenes de composiciones para órgano. Aunque debió conocer perfectamente las escuelas italianas y francesas, su obra es netamente hispànica y valenciana, con giros melódico-armónicos que le son peculiares y que, más tarde, otros maestros valencianos seguirán empleando.

Compuso Tientos de toda clase, Batallas, Tocatas, Paseos, Pasacalles, Gaitilla, Xácara, etc. Su obra vocal conocida hasta hoy consta de diez composiciones para voces y bajo continuo alcanzando las trece voces en “Ah, de la Región celeste”.

En ellas aparece Cabanilles con un lirismo conmovedor y, sobretodo en “Mortales que amáis”, que lleva el mismo tema que más tarde empleará Bach en su “Pasión según San Mateo”, como un gran maestro en el uso de la disonancia y de desarrollo temático.

Su modernismo es de tal factura que difícilmente se admitiría de no existir los manuscritos del siglo XVII. Muchas de las composiciones de Cabanilles son virtuosas y avanzadas para su tiempo, si bien se mantuvo dentro de la tradición española de música para tecla proveniente del siglo XVI. A veces se apoda a Cabanilles como el Bach español.