Era un excelente alumno y estudió teología, idiomas y filosofía en varios lugares, incluyendo Silesia entre 1643 y 1646. Su elección de una profesión musical lo llevó a la corte imperial de Viena en 1649, donde llegó a conocer la música de Giovanni Valentini y de Antonio Bertali. Enseñó brevemente en Reutlingen, y durante dos años fue tutor privado de los niños de un físico en Pressburg (ahora Bratislava). En 1651 se hizo allí director de música de las iglesias y maestro en el Gimnasio, pero después de un año pidió ser relevado de la enseñanza. Llegó a ser Kapellmeister en la corte de Württemberg en Stuttgart el 6 de mayo de 1657. Su permanencia en Stuttgart estuvo marcada por una amarga disputa con Philipp Friedrich Böddecker, organista de la iglesia colegiada. Böddecker, que había aspirado al puesto de Kapellmeister, criticó las composiciones de Capricornus y alentó a los músicos de la corte contra él. Capricornus escribió una petición al duque en su propia defensa, que proporciona una visión detallada de su proceso compositivo. Los años de Capricornus en Stuttgart fueron estropeados además por una enfermedad y por la infelicidad en su matrimonio. Johann Caspar Fischer estudió allí con él desde 1661 hasta su muerte.

Capricornus fue una figura importante en el desarrollo de  la música sacra alemana entre Schütz y J.S. Bach. Era ambicioso -buscó y ganó la aprobación de Schütz y Carissimi- y prolífico, siendo uno de los pocos compositores alemanes de su tiempo cuyos trabajos eran extensamente distribuidos tanto en manuscritos como en impresiones. Inventarios existentes listan más de 400 obras, aunque muchas de ellas están perdidas, sobre todo de su música secular, que incluía música de cámara, ballets y óperas. Su  música sacra, que todavía estaba litúrgicamente en uso a principios del siglo XVIII, incluye grandes obras concertadas (Opus musicum) y muchos conciertos pequeños, ambos con instrumentos (Geistliche Harmonien, Theatrum musicum) y con acompañamiento sólo de continuo (Geistliche Concerten). Mostró una fuerte preferencia por los textos devotos latinos, a los que puso música en un estilo muy expresivo, italianizado. La atribución del oratorio de Carissimi "Judicium Salomonis" a Capricornus en la impresión póstuma  "Continuatio theatri musici" ha planteado dudas sobre la atribución de todas las impresiones póstumas. Su música merece más ediciones, ejecuciones y estudio.

Admirador de Carissimi, emuló su estilo expresivo en su música de iglesia, que incluye pequeños conciertos sacros y grandes obras concertadas.