Según Calvi pasó su juventud en la corte bávara y luego visitó Roma y Venecia. De acuerdo con Vaerini, Cavaccio, después de los estudios literarios, se dedicó a la música y a la poesía más de acuerdo con sus gustos y, cuando era adolescente, se hizo famoso por la delicadeza de su voz, no sólo en casa sino también en Mónaco de Baviera, donde fue cantante de la capilla real, a continuación en Roma y en Venecia. De vuelta en Bérgamo en 1603, habría sido primero maestro di cappella de la catedral, a continuación de Santa Maria Maggiore, donde habría servido desde el año 1576. En cambio en la dedicatoria del "Magnificat omnitonum" (1581) aparece que ya ese año era 'Ecclesiae cathedralis Musices Praefecto', después de haber sido maestro di cappella de la iglesia de Santa María de la Misericordia; en 1598 fue nombrado maestro di cappella de la iglesia de Santa Maria Maggiore, cargo que ocupó hasta su muerte.

Edición discográfica con dos obras de Giovanni Cavaccio

En 1592, con un 'Credidi propter quod locutus', participó en una colección de "Salmi a cinque voci", hecha por Asola y dedicada a Palestrina. Por la dedicatoria se puede colegir que pertenecía al estado eclesiástico, ya que se trata de salmos  escritos 'ab ... auctoribus ómnibus religioni addictis'. Sin embargo, esto contradice a lo que se expresa en los registros de los miembros de la iglesia y la capilla de Santa María, donde está escrito que 'para satisfacer el deseo del público de escuchar con frecuencia' sus composiciones, incluso después de su muerte, fueron compradas obras escritas a mano por la viuda del compositor. Que su reputación no estaba de ninguna manera limitada a su región natal está claro por la inclusión de piezas suyas en antologías tan variadas como "Il trionfo di Dori"(1592), "De floridi virtuosi d’Italia" (1600) y "Parnassus musicus Ferdinandaeus" (1615) y en manuscritos de procedencia alemana del sur y austriaca.

Su reputación literaria era tal que fue elegido a la Accademia degli Elevati de Florencia, un honor reconocido orgullosamente en la página de título de su "Sudori musicali" (1626), y también a las academias venecianas. Su producción publicada de música incluye libros de misas, música de Magnificat, salmos, himnos, motetes, madrigales, canzonettas y piezas de órgano; por lo menos cuatro volúmenes de madrigales de cinco partes están perdidos. Mucha de la música sacra se cantó en Santa María Maggiore, Bérgamo; era costumbre listar la música e instrumentos que pertenecían a este al nombrar cada nuevo director, y la lista dada al sucesor de Cavaccio, Alessandro Grandi, incluye varios manuscritos de sus obras, así como muchos volúmenes impresos. La mayoría de estos trabajos fueron diseñados para fuerzas corales ligeramente grandes, usando el estilo poli coral asociado con Venecia.

La producción de Cavaccio es sustancial. Algunas de las obras vocales están disponibles en ediciones modernas, y siguen siendo estudiadas ampliamente. Las obras instrumentales, la mayoría de las cuales están disponibles fácilmente, son mucho mejores. La música para teclado del "Sudori musicali" está pensada claramente para interpretarse  durante la misa. La "Musica" de 1597 incluye la variedad usual de géneros instrumentales; de interés especial son cuatro canzonas con texto italiano que, como las canzonas sin texto del libro, están en el estilo rítmicamente franco, homofónico del madrigal. Sus obras fueron publicadas en Venecia y en Milán en catorce volúmenes, muchos de ellos perdidos, como se refleja en el número de libros de madrigales que quedan en el Op. 24 (1620).