Puede haber sido el John Church de Oxford que fue puesto como aprendiz de música con el publicador Henry Playford el 3 de junio de 1689 pero no completó su aprendizaje. Puede haber sido también un John Church de Alscott [?Ascot], Berkshire, que se matriculó en St Edmund's College, Oxford (más o menos a los 14 años), el 31 de marzo de 1690 y obtuvo el BA en 1693, aunque este último parece demasiado joven.

Hacia 1695 estaba cantando como tenor en el Teatro Real, Drury Lane, en Londres. Fue nombrado  Gentleman Extraordinary of the Chapel Royal el 31 de enero de 1697 y admitido como titular el 1 de agosto; el mismo año se hizo también vicario laico en la Abadía de Westminster, donde fue maestro de los Coristas desde 1704 hasta la Sanmiguelada de 1740. Fue copista principal de la Capilla Real y de la Abadía de Westminster hasta aproximadamente 1735, y compiló el más antiguo juego de partituras existente de la Capilla real; se piensa que también haya sido responsable del libro de anthems para la Capilla Real, "Divine Harmony" (1712). Aproximadamente en 1716 proporcionó a Thomas Tudway algo del material para su colección de música de iglesia. Desde 1724 Church fue ‘receiver of the tomb money’ en la Abadía de Westminster, y desde 1729 hasta 1740 mantuvo el ‘Chapel Royal subscription book for a perpetual fund’ para proporcionar pensiones a los parientes de los coristas fallecidos.

Church era un compositor conservador, poco influenciado por el estilo  italiano contemporáneo. Aunque poco aventurero armónicamente, mostró considerable imaginación en su manejo de las formas, especialmente en lo fundamental.