Como su hermana, tía, y sobrinas, Cozzolani pasó su vida adulta en clausura en el monasterio benedictino de Santa Radegonda, Milán, donde hizo sus votos en 1619.

Sus cuatro «opere» se publicaron entre 1640 y 1650, fecha esta última de sus “Vísperas”, quizá su obra mejor conocida. Compuso además una "Misa Pascual". Después, ella sirvió como priora y abadesa en Santa Radegonda, ayudando a guiar la casa a través de tiempos con problemas en los años 1660 cuando  se produjo el ataque del estricto Arzobispo Alfonso Litta, que quiso limitar a las monjas la práctica de la música y otros contactos 'irregulares' con el mundo exterior.

Edición discográfica de "Vespro della Beata Vergine" de Chiara Margarita Cozzolani

Como abadesa defendió el derecho de las monjas a la música y las torcidas intenciones del arzobispo no tuvieron éxito, en parte por la refutación del abate, teólogo y predicador milanés Filippo Picinelli, que en un informe al Ateneo de literatos de la ciudad (Milán, 1670) escribió: «Las monjas de Santa Radegonda están dotadas con tal raro y exquisito talento musical, que son reconocidas como las mejores cantantes de Italia.... usan el hábito negro benedictino de Benito de Nursia, pero para los oyentes semejan blancos y melodiosos cisnes, que llenan el corazón de maravilla y elevan el espíritu en sus oraciones. Entre estas hermanas, Donna Chiara Margarita Cozzolani merece el mayor reconocimiento: se llama Chiara de nombre, pero lo es más en virtud, y Margarita por su inusual y excelente nobleza de ingenio.»

Cozzolani dejó de componer al ser elegida abadesa y no figura en las listas del convento después de 1676. Cozzolani era sólo una de más de una docena de monjas del siglo XVII en Italia que publicaron su música, pero los tributos continuos a ella y a la cultura musical de su casa son notables en cualquier caso.  Compositora cumplida, publicó varias colecciones de motetes y concerti.

Las escenas de salmos y textos de motetes se presentaban en el contexto de la liturgia de su orden para la Fiesta del Nacimiento de la Bendita Virgen María, específicamente Segundas Vísperas, en el propio día de la fiesta, el 8 de septiembre. Santa Radegonda era famosa por sus hermanas haciendo música en los días de fiesta, y visitantes de toda Europa se apiñaban en el exterior de la iglesia para escucharlas.