También fue influenciado profundamente por Purcell, muchas de cuyas obras debe de haber interpretado y ciertamente conservado en copias manuscritas desde los años 1690. No hay ninguna razón para rechazar la probabilidad de que él sea el ‘Phillip Crofts' mencionado en los archivos de la parroquia de la Iglesia de St Anne, Soho, como organista desde 1700. Ese año renovó su conexión con la Capilla Real como Gentleman Extraordinary, compartiendo ese puesto, junto con la alternancia en el cargo de organista, con Jeremiah Clarke.

William Croft

En mayo de 1704 ambos sucedieron a Francis Pigott como organistas de la capilla, y cuando Clarke murió en 1707 la plaza quedó enteramente para Croft. Sus anthems en celebración de las batallas de Blenheim y Ramillies  ("I will give thanks", "O clap your hands" y "The Lord hath appeared")  muestran que entonces ya estaba complementando los deberes de Blow como compositor, y a la muerte de Blow en 1708 lo reemplazó no sólo como compositor, afinador de los Regals y Órganos y maestro de los niños de la Capilla Real, sino también como organista de la Abadía de Westminster. Muy curiosamente, en algún momento antes de 1712 pagó por la restauración del monumento a William Inglott en la Catedral de Norwich. En 1712 abandonó su puesto en St Anne.

En julio de 1713 Croft obtuvo el grado de DMus en Oxford, siendo el primer graduado en música de Oxford de quien sobrevive allí un sólido y extenso trabajo sometido para el grado; este tiene la forma de dos odas para voces solistas, coro y orquesta, 'With noise of cannon and  Laurus cruentas', celebrando el Tratado de Utrecht, y publicado como "Musicus apparatus academicus". Croft era el mayor compositor de la Capilla Real en el momento en que Haendel empezó a obtener el favor de la Reina Anne, y aunque no hay ninguna evidencia de fricción entre ambos, no es imposible que este volumen imponente pueda haber parecido un medio de mantener la permanencia del compositor nativo.

Edición discográfica con una Sonata de William Croft

En 1715 su estipendio como Maestro de los Niños de la Capilla Real fue aumentado en £80 anuales, incluyendo sus deberes enseñar a los niños a leer, escribir y aritmética, así como a tocar órgano y composición. Desde alrededor de este tiempo hasta su muerte disfrutó del patrocinio de Sir John Dolben de Finedon, Northamptonshire, sub-deán de la Capilla Real (1712–17).Croft inició una nueva empresa en 1724 con la publicación de una hermosa colección de dos-volúmenes de su música de iglesia, titulada "Musica sacra", grabada y en forma de partitura en lugar de en partes, cuyas ventajas hacía resaltar en su prólogo. Una lista fechada en 1726 muestra que Croft era uno de los miembros más antiguos de la Academia de Música Vocal. Se casó en 1705, pero murió sin hijos y fue enterrado cerca de Purcell en la Abadía de Westminster.

Como compositor Croft era tanto un firme preservador de la tradición como un asimilador de las nuevas técnicas. Muchas de sus obras estaban modeladas sobre composiciones específicas de Purcell; hay evidencia todavía de que revisó su propio "Te Deum en Re Mayor", que estaba claramente basado en la composición de Purcell de 1694, después de haber escuchado la música del "Utrecht" de Haendel de 1713.