El año siguiente visitó Austria y Hungría, incluyendo una breve estancia en Pressburg (ahora Bratislava).Antes de llegar a Berlín a fines del año viajó a través de Moravia, Bohemia y Sajonia. En Berlín se hizo tutor de la familia de Christoph von Blumenthal, capitán de la guardia real del Elector de Brandenburgo. En octubre de 1602 entró en la Universidad de Wittenberg como estudiante de teología. Nada más se sabe sobre su educación musical, pero desde 1619 publicó música en Berlín. De alguna manera estableció allí con éxito su reputación como músico y maestro, y el  23 de junio de 1622 fue vuelto a llamar para convertirse en Kantor de la Nikolaikirche (la iglesia parroquial más importante de la ciudad) así como maestro en el Grauen Kloster Gymnasium. Mantuvo su posición como Kantor hasta su muerte 40 años después.

Frontispicio de la 39ª edición de "Praxis-Pietatis-Melica" de Johannes Crüger

Crüger compiló, arregló y contribuyó con nuevas melodías a varias grandes colecciones corales, incluyendo "Praxis pietatis melica", su logro más importante y la publicación coral más influyente del siglo XVII. Su primera colección, "Newes vollkömliches Gesangbuch, Augspurgischer Confession", apareció en 1640. Incluye 240 textos de corales y 137 melodías, de las que 18 son suyas. Es la primera publicación con arreglos corales como melodías con un acompañamiento de bajo figurado en lugar de como música para varias voces. Este arreglo no sólo hace énfasis en la importancia del órgano en el acompañamiento de corales en las iglesias de Berlín, sino que la simplicidad del acompañamiento así como del ritmo melódico indican hasta qué punto Crüger gustaba de hacer estos arreglos prácticos para ser cantados en la casa durante el culto privado.

Esta colección fue al parecer la primera edición del "Praxis pietatis melica", existente primero en una edición de 1647 y vuelto a publicar más de 40 veces hasta durante el siglo XVIII (las impresiones de varias ediciones de Berlín también aparecían en otras ciudades europeas). En la edición de 1647, en que las corales tienen de nuevo un acompañamiento de bajo figurado, 15 textos de Paul Gerhardt aparecen por primera vez con melodías de Crüger. Gerhardt, quizás el más renombrado poeta alemán de corales, se hizo amigo íntimo de Crüger en 1657, cuando se desempeñó como diácono de la Nikolaikirche, y ambos colaboraron después de esto. De edición en edición los "Praxis pietatis melica" cambiaron y se agrandaron en tamaño, aunque a finales del siglo el nombre de Crüger como compositor de corales había desaparecido de sus páginas; ya en la décima edición de 1661, que contiene 550 corales, pueden atribuirse todavía sólo dos melodías a Crüger.

Edición discográfica con obras de Johannes Crüger

En 1649 Crüger publicó el "Praxis pietatis melica" en un arreglo para cuatro voces, dos partes instrumentales (violines o trompetas) y contrapunto titulados “Geistliche Kirchen-Melodeien”. Las partes instrumentales, que son optativas, normalmente caen sobre la melodía vocal y son generalmente floridas: producen algo como arias corales. Crüger aseguraba ser el primero en agregar partes instrumentales a las melodías corales, aunque existían precedentes de tal combinación de voces e instrumentos en las sinfonías sacras de compositores venecianos en las primeras décadas del siglo XVII. Un arreglo similar para voces y partes instrumentales optativas aparece en la siguiente publicación coral de Crüger, la "Psalmodia sacra". La primera parte (1658) consiste en los 150 salmos, traducidos por Ambrosius Lobwasser, arreglados para coro de cuatro voces, tres partes instrumentales y contrapunto.

Unas 71 melodías de Crüger aparecen en estas varias publicaciones, de las que sólo unas pocas han permanecido en himnarios protestantes modernos. Las siguientes son especialmente notables: "Herzliebster Jesu, was hast du verbrochen" (texto de Johann Heerman), "Jesu, meine Freude" (Johann Franck) y "Schmücke dich, o liebe Seele" (Johann Franck) y sus adaptaciones de la melodía de Johann Schop "O Ewigkeit, du Donnerwort" y de Michael Franck "Ach wie flüchtig, ach wie nichtig".

Su contribución singular a la música alemana del siglo XVII consiste en su revitalización de la coral protestante. También fue influyente como teórico. Crüger escribió varios trabajos teóricos, todos los cuales tienen carácter de manuales de instrucción.