Tres años después empezó una asociación de toda la vida  con la corte imperial de Viena bajo Fernando III y más tarde con Leopoldo I. Asumió primero el puesto de organista de la Kapelle y volviéndose Kapellmeister catedralicio en 1663; también fue compositor del ballet oficial. Su hermano gemelo, Markus (1612-1681) también trabajó en Viena y estuvo allí desde 1655 hasta 1680 como organista de la capilla real.

Edición discográfica con una "Sonatina" de Wolfgang Ebner

Wolfgang Ebner creó danzas, música de ballet y un motete. Poca de la música de Ebner existe, lo que es lamentable en vista de la estima en que fue tenido por sus contemporáneos. Evaluaciones históricas hechas antes sobre mucha de su música destruida durante la Segunda Guerra Mundial  apoyan estas apreciaciones. En 1637 ganaba el doble del sueldo de su colega Froberger, con quien estableció la importante escuela vienesa de teclado del siglo XVII, notable por su fusión de los estilos francés, inglés y alemán.

La composición más conocida de Ebner es la colección de 36 variaciones para clavicordio (Aria augustissimi ac invictissimi Imperatoris Ferdinandi III : XXXVI modis variata, ac pro cimbalo accomodata, Praga, 1648) sobre un tema de Fernando III que muestra muchas similitudes con la famosa suite de Mayerin de Froberger y de hecho puede ser su predecesora. En ambas obras el orden de los movimientos de la suite dirige la estructura global mientras los procedimientos de la variación proporcionan el ímpetu principal del crecimiento musical.

Ebner escribió 15 reglas elementales para la realización del bajo continuo que, aunque nunca publicadas en el latín original, aparecieron en una traducción alemana de J. A. Herbst como parte de su Arte prattica & poëtica (Frankfurt, 1653). Al igual que Agazzari (Del sonare sopra ’l basso con tutti li stromenti,  1607), Ebner sugería que no debía permitirse a la interpretación ir sobre la línea melódica pre existente, y como Galeazzo Sabbatini (Regola facile e breve per sonare sopra il basso continuo, 1628) él permitía a la mano izquierda compartir a veces tocando los intervalos sobre el bajo.