Sus maestros allí fueron Georg Egger y Balthasar Siberer (quién le enseñó a tocar el órgano). Empezó su educación universitaria en 1721 en la Universidad Benedictina de Salzburgo, donde estudió leyes. Abandonó la universidad en 1723. Saliendo sin graduarse, J. E. Eberlin ya se debía haber vuelto un virtuoso tecladista, porque logró un puesto de organista suplente en la Catedral de Salzburgo en 1726. Es más, algunas de sus composiciones para órgano supervivientes más tempranas datan de alrededor de ese periodo. Su primer cargo importante fue en 1727 cuando se convirtió en organista para el Conde Leopold von Firmian (entonces Arzobispo de Salzburgo). Alcanzó la cima de su carrera cuando fue organista del Arzobispo Andreas Jakob von Dietrichstein.

Edición discográfica de "Música coral sacra" de Johann Ernst Eberlin

Aunque su música de teatro no puede remontarse muy atrás, su atracción hacia el género se remonta a su niñez. Así, es poco sorprendente que J. E. Eberlin pudiera producir pronto más de noventa obras escénicas, muchas de las cuales se realizaron en el Teatro de la Corte de Salzburgo. También produjo música para obras escolares, la mayoría después  de 1741, sin embargo. Estas producciones de obras escolares se representaron a menudo en la Abadía de San Pedro, donde Eberlin tenía conexiones fuertes con el clero, y en la Universidad Benedictina. Entre los más exitosos de estos esfuerzos está  "Sigismundus, rex Burgundiae" (1753), una obra llena de colorido cuyas profusas representaciones en 1761 contaron con la participación del joven  Wolfgang Amadeus Mozart, quien expresaría después gran admiración por la escritura vocal de Eberlin.

En 1749, J. E. Eberlin, que había subido enormemente en rango en la Catedral y en la Corte de Salzburgo, fue nombrado Kapellmeister para ambas, bajo el Arzobispo de Salzburgo. Cinco años después se le dio el título de  'Administrador Regio'  en reconocimiento a su alta reputación como compositor/músico en Salzburgo. Eberlin mantuvo su renombre en los últimos años de su carrera y parece haber permanecido activo hasta el momento de su muerte a los 60 años de edad.

Irónicamente, aunque la música de Johann Ernst Eberlin fue tocada a menudo y normalmente bien recibida, y aunque produjo más de 300 composiciones de iglesia, incluyendo misas, escenas de salmo e himnos, así como numerosas piezas para órgano y otras obras, sus únicas composiciones publicadas en su vida fueron sus fugas para teclado. Sus obras son un puente entre las eras Barroca y Clásica. Contemporáneo y amigo de Leopold Mozart y posiblemente su maestro, J. E. Eberlin fue un prolífico y versátil compositor, que produjo obras en varios géneros vocales e instrumentales, pero sólo ejerciendo influencia en  las generaciones subsiguientes con sus composiciones sacras vocales.

El teórico musical y compositor Friedrich Wilhelm Marpurg, contemporáneo suyo,  sostiene que escribía tanto y tan rápidamente como Domenico Scarlatti y Georg Philipp Telemann.