Cuando postuló en 1653 para el puesto de Kapellmeister de la Marienkirche, Danzig, el concejo de la ciudad decidió darle en cambio una subvención para que pudiera viajar para los efectos de estudiar. Fue a Regensburg donde, según los relatos de sus viajes, conoció a Johann Jacob Froberger. Por recomendación de este último extendió considerablemente su viaje, no sólo a través de las ciudades del sur y occidente de Alemania sino hasta los Países Bajos, Inglaterra, Francia e Italia. Según Eitner, Georg Neumark (1657) lo describió como organista de la ciudad de Weimar, pero esto no parece ser así.

Edición discográfica de obras de Johann Balthasar Erben

La noticia de que el puesto de Kapellmeister en la Marienkirche, Danzig, había quedado vacante de nuevo lo encontró en Roma en 1657, después de lo cual volvió y en 1658 solicitó el puesto por segunda vez, esta vez con éxito. Lo ocupó hasta su muerte y fue en efecto ‘Kapellmeister de la Ciudad de Danzig', pues este era el puesto principal en la vida musical centralmente  organizada de la ciudad: además de la música de iglesia en la Marienkirche era también responsable de la música cívica en el Artushof. Llevó a cabo sus deberes con gran diligencia, como demuestran no sólo sus propios informes sino también por un reglamento del coro de 1659 que estipula que los músicos cívicos debían tomar parte en los himnos de la iglesia. Sus esfuerzos como compositor y organizador significaron que la música de iglesia de Danzig alcanzara nuevas alturas. Sin embargo, en sus últimos años, tuvo que batallar contra tiempos difíciles, y su posición cada vez peor se refleja en peticiones repetidas al concejo. 

Varias de las obras de Erben deben haberse perdido. En 1688 su viuda ofreció al consejo de la ciudad de Danzig una 'regular cantidad de obras  musicales escritas por su propia mano y la mayoría de ellas sus propias composiciones', pero el concejo las rechazó. Así como algunas piezas instrumentales, sin embargo, bastante de su música de iglesia sobrevive para indicar su importancia en el desarrollo del género en Danzig. Su inclinación hacia la rica instrumentación, apoyada por armonía expresiva, el cromatismo emotivo y el intenso contrapunto son particularmente notables. La mayoría de sus conciertos sacros son música sobre textos bíblicos, en particular de los salmos, mientras los otros usan textos de himnos; nunca se encuentran los dos tipos de palabras en la misma obra. Variaciones corales 'per omnes versus', previamente no encontradas en la música de iglesia, son una especialidad de Erben. 

Mattheson afirmó, probablemente en forma equivocada, que enseñó a Christoph Bernhard, que era sólo un año menor que él.