Fue uno de los cinco hijos de Goyart van Eyck y Heilwich Bax. En 1604 le fue otorgada una vicaría o pensión, posiblemente por la muerte de su padre. En 1625 obtuvo el puesto de Carillonero en Utrecht, con un sueldo de 300 florines por año. A partir de 1628 se hizo cargo de la supervisión de los carillones de la ciudad y su sueldo fue aumentado a 500 florines.

En 1644 se publicó en Amsterdam “Euterpe oft Speel-Goddine”, posteriormente conocida como el primer volumen del Lust-Hof. El editor fue Paulus Matthysz. El segundo volumen, con el título definitivo, apareció en 1646. “Der Fluyten Lust-hof “, algo así como "El jardín de las delicias flautísticas" (1646-49) es esencialmente una reedición ampliada de la obra “Euterpe”. Es la obra completa de Jacob Van Eyck: 144 piezas para flauta dulce.

Edición discográfica de obras de Jacob van Eyck

Una de las piezas que contiene esta gran colección es "El ruiseñor inglés", la cual tiene un indudable valor histórico por ser la pieza más antigua notada musicalmente hallada hasta el momento, en donde se asocia la flauta con los pájaros. En este caso: el ruiseñor, y se lo llama "inglés" pues la melodía se la encuentra en libros de canciones inglesas de 1630. Incluye la melodía, más una variación denominada: Modo.

Es la colección más larga de música para un instrumento de viento solo, en donde casi todas las piezas son variaciones o contrafacturas de melodías populares en Holanda durante el renacimiento tardío (incluyendo Salmos Calvinistas, danzas, etc.). Las contrafacturas eran la reutilización de melodías existentes. Esta era una práctica muy común en la época, y tenía sus razones. Había muy pocas ediciones, las cuales eran muy costosas; pocos compositores disponibles; y cantar era un pasatiempo muy popular entre los jóvenes, quienes con muy poco entrenamiento musical les era mucho mas sencillo cantar nuevos textos sobre melodías ya conocidas. Este recurso desaparece virtualmente en el siglo XIX y XX ya que la idea del trabajo único e individual ha prevalecido desde entonces.

Fue un experto afinador de campanas, siendo él el primero en afinar por parciales, y la técnica de afinación que desarrolló  está en uso en la actualidad. También fue un excelente flautista en la época y su salario se vio engrosado en 1649 con la condición de que tocara la flauta dulce para la gente que paseaba por los jardines de la catedral.

La popularidad de Van Eyck hizo que durante su vida se editaran varias colecciones con sus improvisaciones. Esta forma de arte, la improvisación, era el corazón de la música mucho antes de la invención de la notación musical.