Alumno de Giovanni Bernardino Nanino, Stefano (II) fue maestro di cappella del Seminario Romano, 1638-39, y de San Giovanni dei Fiorentini hasta 1644. Mientras estaba en el Seminario Romano dirigió la música para siete coros de voces e instrumentos en las celebraciones centenarias de la fundación de la orden Jesuita en la iglesia de Gesù en 1639, organizadas por el cardenal Antonio Barberini. El 7 de octubre de 1644 se convirtió en maestro di cappella de San Luigi dei Francesi. Esta posición, en la que Romano Micheli esperaba ser nombrado, debe de haber sido asignada por competencia, pero los cantantes papales que ya se habían negado a cantar bajo Micheli debido a su actitud hostil hacia la capilla papal, solicitaron y obtuvieron la anulación de la competencia y el nombramiento de Fabri, que ocupó el puesto hasta diciembre de 1656.

Edición discográfica de "Vesperae a Quattuor Choris" de Stefano Fabri

El 25 de febrero de 1657 fue designado maestro de Santa María Maggiore, pero murió dieciocho meses después. Como su padre, parece no haber publicado ninguna colección de su música, aunque un volumen de salmos en estilo concertato apareció póstumamente, y él está bien representado en antologías de la época consagradas a música sacra, además de piezas para grupos pequeños.

Su padre, Stefano (I) sirvió como cantante en la cathedral de Orvieto (1568-85), organista (1580-81) y trombonista (1582-83). Desde el 11 de mayo de 1590 hasta marzo de 1591 fue maestro di cappella del Collegio Germanico, Roma, y desde el 1 de mayo de 1599 hasta el 30 de  septiembre de 1601 ocupó el mismo puesto en la Cappella Giulia en la Basilica di San Pietro.

Desde octubre de 1607 hasta agosto de 1608 fue maestro de San Giovanni in Laterano, Roma, y el 23 de septiembre de 1608 se convirtió en maestro de la Santa Casa, Loreto, muriendo poco después. Como compositor es conocido por solo dos piezas, un madrigal de cuatrompartes (1604) y un motete de seis partes (1613).