Fue bautizado el mismo año en Sant’Andrea di Savigliano. Estudió derecho en la universidad de Parma; en la misma ciudad, por recomendación  de Bernardino di Savoia, monsignore di Racconigi, se hace alumno de Claudio Merulo, célebre organista activo en la iglesia ducal della Steccata entre los años 1591 y 1604. Fergusio, que regresó probablemente a Savigliano en los primeros años del siglo XVI, se casó con la hija de Agostino Savillani e inició su carrera como abogado. Además de haber formado parte de la Confraternita di Santa Maria del Sepolcro entre los años 1609 y 1612, estuvo en el Consiglio cittadino en 1619.

La página de título de su única publicación lo describe como un músico de la casa de Saboya. Sólo dos testimonios escritos nos permiten enriquecer la escasa imagen que surge de los datos biográficos del músico piamontés. La primera nos lleva a especular que disfrutó de una cierta fama en la música de la época, ya que Serafino Patta antepuso la siguiente dedicatoria al motete “Te Sanctum Dominum” para dos voces y bajo continuo, que es parte de su colección “Sacrorum Canticorum Liber II” , Venecia 1613: "All'Illustre Sig. Gio. Battista Fergusio, dottore di legge e musico eccellente".

El otro, un compendio de música sacra sobre texto latino y con acompañamiento de bajo continuo, constituye el único cuerpo de música de Fergusio que nos ha llegado. Los “Motetti e dialogi per concertar a una sino a nove voci, con il suo basso continuo per l'organo” fueron publicados en Venecia por Giacomo Vincenti en 1612 y dedicados por el autor "Al serenissimo Prencipe Vittorio Amedeo di Savoia", con fecha 1 de noviembre de 1612. La colección comprende cuarenta y dos motetes en  estilo concertato, de la siguiente manera: siete para voz solista, siete a dos voces, siete a tres, siete  a cuatro, dos a cinco, dos a seis y dos a siete voces, seis a ocho y finalmente dos a nueve voces en una mezcla de estilos nuevos y no tan nuevos. Los motetes "In Ecclesiis benedicitea” a dos voces y “Exultent iusti”  a siete voces son, como se indica claramente en la colección, "Del sig. Alessandro Costantia discepolo dell'autore", también de Savigliano y muerto allí en 1646.

Las piezas en pequeña escala están en un estilo más avanzado: despliegan las líneas floridas características y ritmos y armonías variados  del estilo concertato. La línea baja es bastante viva, que no es verdaderamente el estilo del recitativo de otros compositores de iglesia como Alessandro Grandi (I), pero no hay sentimiento para desarrollo melódico, y los ornamentos no se usan para formar la línea melódica. Sin embargo, "Plorans et lacrimans", para tres voces, abre con algunas suspensiones lentas llamativas. Las piezas más grandes en la colección son más de estilo de transición: en "Omnis terra", de seis partes, los pasajes cortos para dos voces carecen de nuevo de pulimento melódico, alternando con tuttis polifónicos imitativos -en lugar de  acordes sólidos- en un estilo del siglo XVI. Uno de los diálogos del título es una interesante pieza de Navidad de siete partes, "Gloria in altissimis Deo", en el que los pastores y ángeles son representados por bloques separados de voces. En su prólogo Fergusio aclara el tratamiento contemporáneo de los coros separados cuando indica que cada coro puede unirse o puede separarse según los intérpretes disponibles y las posibilidades de la iglesia.

En la Advertencia a los cantantes, después de haber anticipado la naturaleza peculiar de ciertos conciertos incluidos en la colección, Fergusio proporciona algunas indicaciones importantes de la práctica interpretativa, con especial relevancia en lo que concierne al uso de coros separados. Teniendo en cuenta del destino y de las técnicas de composición adoptadas, los "Motetti e dialogi" de Fergusio se colocan bien en el cauce del siglo XVII del 'stylus ecclesiasticus', mostrando una impresionante colección de soluciones muy diferentes en la ornamentación de las líneas vocales y en la conducta imitativa de las partes, más raramente cordal. Murió de un prematuro ataque al corazón antes de cumplir los 46 años.