Apodado Giovanni Battista del Violino, era hijo de 'ms. Stefano e' di mad.a Margaritta', como se muestra en una póliza de estimación enviada por él al Municipio de Brescia en 1627. El documento, descubierto por P. Guerrini y mantenido por largo tiempo inexplicablemente ignorado, permite precisar, enriqueciéndola notablemente, la escasa información biográfica que se encuentra en las dedicatorias de G. B. Reghino y de C. Gussago. F. -como informa dicha póliza- tenía una casa 'en el distrito de Gratie' y es probable que en esta misma zona, adyacente a la plaza Johannis (el área en que residían 'sonadori' y 'violinai'), donde se llevó a cabo su formación musical. Quizá en Brescia tuvo contactos con su coterráneo Biagio Marini, al igual que él, uno de los más grandes virtuosos del violín de su época. De muy precoz talento violinístico, comenzó tocando en la cercana basílica de Santa Maria delle Grazie, donde permaneció activo hasta no más allá de 1608. Ya este año, de hecho, se atestigua su presencia en Venecia, una ciudad que, por las más amplias posibilidades de empleo que ofrecía, fue durante algún tiempo una especie de meta obligada para muchos músicos de Brescia.

Edición discográfica de Sonatas de Giovanni Battista Fontana

En Venecia F. permaneció por cerca de una década. Ningún documento, por desgracia, ha surgido hasta ahora para iluminar un período que debería haber estado marcado tanto por importantes reconocimientos en el campo artístico, como por intensas y provechosas relaciones profesionales: es difícil, en este sentido, no pensar en un posible encuentro con Dario Castello, autor clave en el ámbito de la sonata en Venecia y cuya obra presenta afinidad innegable con la de Fontana.

Alrededor de 1618 a 1619, atraído quizás por mejores condiciones laborales, F. se estableció en Padua; aquí, su presencia -atestiguada por un acta notarial de fecha 3 de octubre de 1619- se confirma además por la mencionada escritura de estimación de 1627, la cual, por otra parte, da información precisa de que él estaba activo en la corte del cardenal Pietro Valier, obispo de esa ciudad. En Padua, a excepción de breve estancia en Roma acompañando a Valier, F. siguió viviendo hasta su muerte, debida a la violenta peste que había azotado la ciudad.

La póliza de 1627 confirma una carrera artística exitosa y una situación económica acomodada: F. disponía, de hecho, de siete pequeños 'crediti censuarij' sobre un capital total de 7.600 liras, invertido en diversos fondos de la zona de Brescia. De estos bienes, adquiridos 'con su honrado sudor', designó herederos a los monjes de la basílica de Santa Maria delle Grazie de Brescia. Al cuidado de estos últimos dejó también sus escritos musicales, que finalmente ordenados y entregados a la imprenta por G. B. Reghino, entonces maestro di cappella de la basílica.

La colección editada por Reghino -publicada en Venecia en 1641 bajo el título de "Sonate a 1. 2. 3. per il violino, o cornetto, fagotto, chitarone, violoncino o simile altro istromento"- contiene el completo y único corpus de obras existentes de F.. Compuesta probablemente durante la década de 1620, consta de dieciocho sonatas, incluyendo seis para violines solos, tres para dos violines, tres para violín y fagot, cinco para dos violines y fagot y una para tres violines. La sonata para tres violines, considerada una pequeña obra maestra, es una muestra de la espléndida capacidad melódica de Fontana y gran habilidad en el contrapunto.

Considerado uno de los más singulares virtuosos que haya habido a su edad, en tocar el violín, F. está, junto con Biagio Marini, Dario Castello y Giovanni Battista Buonamente, entre los exponentes más influyentes y originales de la sonata proto barroca. Técnicamente audaces y con estilo innovador, sus sonatas trasscienden abundantemente lo tradicionales patrones rítmicos y melódicos de la 'canzon da sonar'. La ruptura con el estilo arcaico de los seguidores de Giovanni Gabrieli (Giovanni Battista Grillo, Giovanni Priuli, Francesco Usper, Giovanni Picchi, etc.) se revela claramente en las seis sonatas para violín sólo, donde una sorprendente fusión de disminuciones rapsódicas con elementos mediados de la monodia vocal (bajos estáticos, ritmos lombardos, 'tremoletti', etc.) da vida a secciones enteras que se caracterizan por una forma libre, a medio camino entre el estilo representativo y el estilo tocata.

Están entre algunas de las sonatas más antiguas de esta forma. Enmarcadas en el laberíntico e improvisatorio estilo de la sonata italiana de principios del siglo XVII, no carecen, con todo, de cierta originalidad, así como de algunos rasgos anticipatorios. El título del frontispicio de la edición original especifica que puede usarse la corneta en lugar del violín. La música es bastante polifónica en su concepción, incluso con la línea baja actuando más como una voz individual separada que como un verdadero bajo fundamental. Obras como las sonatas 5, 6 y 16 muestran que Fontana era una figura destacada en el desarrollo temprano de la sonata, sobre todo la sonata solista, de la que él y Marini fueron los primeros compositores importantes. En 1608 tal era su fama que motivó al bresciano Cesario Gusago a dedicarle las “Sonate e Sinfonie”.