Era hijo de Juraj Francisci, maestro de coro en la iglesia evangélica de Banská Bystrica desde 1692 bajo quien estudió música primero; en teoría y composición fue autodidacta. A la muerte de su padre en 1709 lo sucedió como maestro de coro. Conoció a Johann Joseph Fux y a Georg Reutter en Viena en 1722, y en Leipzig en 1725 oyó tocar a  Johann Sebastian Bach. Desde octubre de 1733 a marzo de 1735 fue maestro de coro y organista en la iglesia evangélica de Pressburg, pero después de algunas disputas con sus superiores volvió a su pueblo natal, donde  el 12 de junio de 1737 reasumió el puesto de maestro de coro y organista, manteniéndolo hasta su muerte, salvo un periodo desde 1743 a 1748. Fue sucedido por su hijo Juraj Francisci (1716–71).

Francisci es conocido como compositor de arias y cantatas a través de su autobiografía en  Grundlage  einer Ehren-Pforte, de Johann Mattheson (Hamburgo, 1740). Una obra llamada "Das musicalische Neu-Jahrs Praesent" se menciona en los archivos de la iglesia evangélica de Banská Bystrica.

Toda su música se pensó perdida hasta que se descubrió en 1962 la colección manuscrita del  organista de Bratislava J. A. Schandroch (1710–80), en la rectoría evangélica de Štítnik; incluye una danza para clavicordio (‘Polonicus') y cinco preludios para órgano, piezas cortas diseñadas para satisfacer las necesidades prácticas de los organistas. Francisci también dejó un "Introductio in generalem bassum", sólo conocido en una copia manuscrita en un volumen “Fundamenta musicae” (en la Biblioteca de Tranovský, Liptovský Mikuláš).