Perteneció a una antigua familia de músicos. Probablemente estudió en París con el famoso clavecinista y compositor Jacques Champion de Chambonières. Sus primeras suites orquestales fueron escritas en esa época, es decir, alrededor de 1665, cuando se movía muy cerca de los círculos reales.

En 1671 estaba de vuelta en La Ciotat como organista. En París había logrado una cercanía con Lully, el dueño de la música en Francia, quién, en 1672 había  recibido de Luis XIV, el privilegio de establecer la Academia Real de la Música, cuyo principal objetivo era la ejecución de la nueva forma musical de moda, la ópera. En 1682 estaba en Marsella como organista y maestro de órgano, clavicordio y composición. El 8 de julio de 1684 recibió permiso de Lully para establecer una academia de música allí: ésta fue la primera autorización de Lully de una casa de ópera en las provincias. La primera presentación, el 28 de enero de 1685, fue "Le triomphe de la paix", con libreto así como música de Gautier; se realizó exitosamente varas veces por semana hasta comienzos de Cuaresma. A fines de 1685 Gautier estaba en París para contratar nuevos actores. La  temporada 1685-6 encontró igual éxito, con presentaciones de 'Le triomphe de l'amour', 'Phaëton' y 'Armide' de Lully.

Edición discográfica de "Sinfonías" de Pierre Gautier

El 5 de febrero de 1687 se estrenó la ópera de Gautier "Le jugement du soleil" ante un público de más de 1000 personas en la terraza de la casa del superintendente de galeras para celebrar la exitosa recuperación de Luis XIV luego de una operación. Durante el verano y el otoño de 1687 la compañía realizó' Phaëton' y 'Armide' en Avignon con gran éxito. En Marsella a comienzos de 1688 Gautier produjo exitosamente el 'Atys' de Lully, que lego llevó en junio a Avignon, donde también preparó el 'Bellérophon' de Lully para dos actuaciones privadas en la residencia del Marqués de Blauvac.

El 4 septiembre de ese año fue encarcelado por deudas y se vio obligado a vender todas las propiedades de su compañía en Avignon y Marsella. Liberado el 10 de septiembre, se dirigió a Lyon, donde uno de sus bailarines, Jean-Pierre Legnay, había ido el año anterior para organizar una compañía de ópera; fue contratado ahora como co-administrador y director de orquesta. El 16 de marzo de 1689 renunció al cargo de co-administrador pero permaneció como director hasta que la compañía se disolvió en 1692. En 1693 el privilegio de dar óperas en Marsella se subarrendó a su hermano Jacques, un escultor empleado como escenógrafo en Lyon, quien llegó a ser director en jefe de la academia de música de Marsella. Las actuaciones empezaron con éxito en enero de 1694. La compañía actuó en Aix-en-Provence en la primavera de 1695 y en Tolon durante el verano.

Presentaron el 'Alceste' de Lully en Marsella en 1696 y en mayo de ese año estaba en Aix, en Avignon en octubre, en Arles en noviembre y en Montpellier en diciembre. A fines de diciembre Gautier se embarcó con su hermano, algunos de la compañía y todo su equipo en un viaje de regreso por mar por razones de economía. La nave se perdió en una tormenta muriendo todos sus pasajeros.

Como director de ópera Gautier se preocupaba por la calidad de su repertorio, principalmente 'tragédies en musique`, en las que mostró ser un representante del clasicismo francés. También se preocupaba por la calidad de la actuación y la organización: varios cantantes y bailarines de París, incluyendo algunos de la Académie Royale lo siguieron a Marsella. También pagó sueldos razonables a sus artistas, al extremo de dejar sus otras deudas impagas. Como compositor escribió, según el Dictionaire de musique de Brossard (1703), ‘dans le style et à l'imitation de Lully'.