Sucedió a Formé como sous-maître en la capilla real en 1638, cargo que compartió primero con Picot, luego con Veillot y finalmente, después de la muerte de  este último en 1662, con Du Mont. Ocupó varios puestos administrativos en la Ste Chapelle, incluyendo el de canonigo en 1651. En 1664 Louis XIV decidió que debería haber cuatro sous-maîtres para su capilla, cada uno para servir un trimestre: Gobert (enero), Robert (abril), Expilly (julio) y Du Mont (octubre). Gobert se retiró de la capilla real en 1669 y a su muerte fue enterrado en la Ste Chapelle. 

Edición discográfica con dos Salmos de Thomas Gobert

Junto con Formé y Veillot, Gobert fue un compositor de vanguardia. Admiró las muchas ‘belles et bonnes choses' en los madrigales de Monteverdi, e hizo mucho para estabilizar el motete para doble coro en Francia. El formato del gran motete de Versalles ya está presente en la descripción de Gobert de los motetrs compuestos por él para la capilla real: ‘El grand choeur, en cinco partes, siempre es cantado por muchas voces'. El petit choeur sólo está compuesto de voces solas' (carta del 17 de octubre de 1646 a Constantijn Huygens). Ninguno de los 'grands motets' de Gobert sobrevive. Se encuentran los textos para muchos en "Cantica pro Capella Regis" de Perrin (1665). En sus perdidos "Antiennes récitatives", también mencionados en esa carta, Gobert puede haber experimentado con el bajo continuo antes de los primeros ejemplos impresos aparecidos en Francia ("Pathodia sacra" de Huygens, 1647).

Otro rasgo progresista es la simple escritura vocal de dos partes de la "Paraphrase des psaumes de David" (París, 1659, 5/1686). La cuarta edición, de 1656, empezada por Aux-Cousteaux fue completada por Gobert que hizo las composiciones de Aux-Cousteaux ‘plus agéables' agregando algunos ‘port-de-voix ', algunas 'anticipation', algunos 'tremblemens' y algunas 'flexions de voix' (Avis).