Trabajó como organista en Stargard mientras todavía era estudiante. En 1595 se matriculó en la Universidad de Rostock pero al parecer no completó sus estudios. En 1598 obtuvo puestos en Stargard como organista y notario público. A fines de 1604 se hizo organista de la Marienkirche, la iglesia principal de Rostock. Aunque el responsable de mantener música polifónica para los servicios era el Kantor, no el organista, Gotschovius sin embargo publicó numerosas piezas sacras vocales durante sus 15 años en Rostock. Sus estudios universitarios eran otra recomendación para su nombramiento como Kantor, pero el Kantor de la Marienkirche, Johann Neukrantz, que de ninguna manera se distinguió como compositor, no fue sucedido en 1618 por Gotschovius sino por Daniel Friderici.

Edición discográfica con una obra de Nicolaus Gotschovius

Un año más tarde Gotschovius volvió a Stargard como organista de la Marienkirche y secretario cívico. Fue invitado como consultor sobre la construcción del órgano para Wismar en 1608 y Köslin (ahora Koszalin) en 1620. Su música adquirió una gran reputación en Rostock. Fue comisionado para escribir obras para numerosas bodas y otras celebraciones, y las cinco partes del "Centuriae sacrarum cantionum et motectarum" no sólo encontraron apoyo de los Kantors de Rostock sino también de los clérigos y profesores de la universidad. 

Mientras las obras para cuatro y cinco partes de Gotschovius fueron influenciados fuertemente por los motetes corales de Johannes Eccard, sus composiciones en seis y más partes muestran claramente influencias venecianas, con preferencia por las frases melódicas cortas en textura homofónica. Incluso en las obras de seis partes usó técnicas de doble coro. En ellas, pero más aun en piezas para dos o tres 'cori spezzati', Gotschovius mostraba una marcada pasión por los efectos sonoros. También digno de nota es su manera de glosar un himno latino, en el motete de boda "Dialogismus latino-germanico-musicus" (1610), escrito en contrapunto para el primer coro, con una coral alemana homofónica para el segundo coro.