Durante sus años veinte y treinta Gratiani sirvió como músico y sacerdote en Marino y el cercano Frascati. En 1646 se trasladó a Roma donde, quizás gracias a la influencia de su poderoso patrón el Cardenal Colonna, llegó a ser maestro di cappella de Il Gesù y del Seminario Romano. En los primeros 12 años de su empleo en el Gesù, el tamaño del coro aumentó rápidamente; de los cuatro cantantes tradicionales aumentó a diez; muchas de sus obras litúrgicas de gran potencia probablemente fueron escritas para este coro. Dirigió la música para el Oratorio di San Marcello durante Cuaresma  en 1650, y aproximadamente en este tiempo su música empezó a aparecer impresa. En 1658 fue nombrado cappellano de la casa del noviciado Jesuita de Sant'Andrea, un puesto que al parecer le proporcionaba el uso sin pago de un apartamento. También activo en la Congregazione dei Musici di Santa Cecilia, fue elegido guardián de los maestri di cappella en 1663; a su muerte el año siguiente la Congregazione pagó una parte de sus gastos fúnebres.

Edición discográfica de obras de Bonifatio Gratiani

En sus piezas concertadas de gran potencia y más pequeñas, Gratiani parece haber empezado con progresiones armónicas invariables preconcebidas; los modelos armónicos apuntalan incluso sus pasajes imitativos aparentemente tradicionales. En ambos estilos, también, incluyó profusas secciones de solo o dúo, con líneas melismáticas secuencialmente generadas. Sus dos oratorios, que bien se pueden haber originado en su obra de Cuaresma para San Marcello, están entre los primeros oratorios latinos divididos en dos partes. Algunas de las misas reflejan la actividad de Gratiani como instructor de música en la escuela Jesuíta: una está explícitamente designada 'per i principianti' (‘para los principiantes', 1671). Varias misas están basadas sobre madrigales famosos (por ejemplo. la Missa "Il bianco e dolce cigno', en el madrigal de Arcadelt).

Los trabajos de Gratiani fueron bien recibidos en Europa del norte: su primer libro de motetes se reeditó en Amberes en 1652, se encuentran manuscritos de sus trabajos en la mayoría de las principales bibliotecas europeas, y varios inventarios registran interpretaciones de sus motetes y misas en capillas alemanas durante el siglo XVII. Su influencia es evidente en las obras de varios compositores italianos activos en tierras alemanas, incluyendo a Vincenzo Albrici y Marco Giuseppe Peranda.

Marc'Antonio, el hermano de Gratiani (1610–1679) fue un castrato bien considerado; su sobrino Domenico fue educado en el Seminario Romano y sirvió en 1694 en condiciones de director en la Congregazione dei Musici. A estos dos, junto con el otro hermano de Gratiani (el padre de Domenico), el Papa Alejandro VII les concedió derechos exclusivos para la publicación de sus obras manuscritas después de su muerte, y así publicaron varios volúmenes póstumos.