Recibió educación musical de su padre, el organista Isaac Hassler, y en 1584, como muchos compositores alemanes de la época, marchó a Venecia. Allí se hizo amigo de Giovanni Gabrieli y  junto a él estudió con Andrea Gabrieli, el tío de Giovanni. Dos años más tarde, viajó a Augsburgo como organista de cámara de Octavio II, miembro de la adinerada familia Fugger, y durante este período el emperador le confirió título nobiliario. Los años en Augsburgo fueron sumamente creativos para él; además se hizo muy conocido como compositor y organista, aunque su influencia estaba limitada porque él era protestante en un área que todavía era muy católica.

Con la muerte de Octavio en 1600, Hassler abandonó Augsburgo para regresar a su ciudad natal como director musical. En 1604 pidió la excedencia y marchó a Ulm donde contrajo matrimonio. No regresó a Nüremberg al expirar su permiso y alrededor de este tiempo enfermó de tuberculosis que demostró ser fatal, aunque en 1608 fue nombrado organista de cámara de la corte de Dresde, donde compuso sus últimos trabajos.

Después de su muerte quedaron Michael Praetorius y Heinrich Schütz en su lugar.

Su música, al igual que la de Handl, estuvo muy influenciada tanto por los maestros flamencos (especialmente Lassus) como por el nuevo estilo veneciano. Hassler fue uno de los primeros en traer las innovaciones del estilo veneciano a Alemania. Aunque músicos de la estatura de Lassus habían estado trabajando en Alemania durante años, ellos representaban la escuela más vieja, la prima pratica, el enormemente desarrollado y refinado estilo renacentista de la polifonía; en Italia las nuevas tendencias estaban surgiendo para definir lo que se llamó después la era Barroca. Músicos como Hassler, y Schütz más tarde, llevaron a la cultura alemana el estilo concertato, la idea poli coral, y la expresión libremente emocional de los venecianos, creando el primero y más importante desarrollo Barroco fuera de Italia.

La música sacra de Hassler es tanto para la iglesia católica romana como para la luterana. Estilísticamente, su música más temprana es más progresiva que la posterior: en la música que escribió después de regresar de Italia usa técnicas  poli corales, contrastes texturales y cromatismos ocasionales; pero la mayor parte de su música religiosa más tardía es conservadora y usa polifonía lineal a la manera de Palestrina. Su musica profana -madrigales, canzonetas y canciones entre la vocal, y ricercares, canzonas, introitos y toccatas entre la instrumental- muestran muchas de las técnicas avanzadas de los Gabrieli en Italia, pero con un carácter algo más refrenado, y siempre atento al arte y belleza del sonido.