Herrera parece haber tenido una buena educación: es posible que siguiera sus estudios clericales en el Colegio Jesuita de San Bartolomé, y recibió un grado en artes o teología, pues es mencionado como presbítero bachiller.

Desde fines de los años 1690 hasta su muerte fue capellán y maestro de coro de las monjas del Convento Dominicano de Santa Inés, Bogotá. Una de sus alumnas, María Gertrudis Teresa de Santa Inés, era bien conocida por su bella voz. En enero de 1703 se hizo maestro de capilla de la Catedral de Bogotá, sucediendo a José de Cascante, puesto que mantuvo hasta su muerte. Esta posición, que requería la provisión de un suministro regular de nuevas composiciones, así como la enseñanza del coro de niños, lo convirtió en el compositor más prolífico de la Colombia colonial. Los archivos catedralicios de 1711 muestran que el capítulo lo consideraba demasiado permisivo con los músicos, lo amonestaron e incluso lo reemplazaron durante unos meses, sólo siendo reintegrado por la presión de los músicos. Escribió su testamento el 2 de febrero de 1738 y murió durante la Cuaresma; un sucesor interino fue designado el 18 de marzo. 

De sus alrededor de 41 obras existentes en Bogotá, 30 son sobre textos latinos, el resto está en la lengua vernácula; las obras más maduras datan de su periodo como maestro de capilla e incluyen cinco misas, tres misas de réquiem, varias colecciones de salmos de vísperas, tres colecciones de Lamentaciones, un "Officium defunctorum" incompleto y varios villancicos. La mayoría de sus obras litúrgicas son poli corales. En su obra más temprana, "Laudate Dominum, omnes gentes" (1689), para tres coros y continuo de arpa, los coros están tratados antifonalmente y vienen juntos sólo en las cadencias finales de las tres secciones; el tercer coro es sólo a dos voces, cuya tessitura alta sugiere que fue pensado para voces de niños. Esta obra revela la habilidad extraordinaria de Herrera en el tratamiento de las técnicas poli corales, así como la combinación imaginativa de las varias sonoridades de los tres coros.

Las dos misas completas, para ocho voces, también despliegan sólida escritura coral y en momentos un rico lenguaje armónico; algunos trabajos sólo sobreviven en copias póstumas, y varias atribuciones por Perdomo Escobar son dudosas.