En la facultad de música llegó a ser el alumno  favorito de Bartholomäus Gesius, que también era Kantor de la Marienkirche en Frankfurt. En 1605 Gesius ayudó a Hoepner a obtener el puesto de Kantor en su propia ciudad natal, Müncheberg, donde el pastor era su hermano Jacob, en cuyo honor Hoepner compuso su primera obra publicada (1606). Después de la muerte de Gesius a causa de la plaga que azotó Frankfurt en 1613, Hoepner tomó medidas para obtener su puesto en la Marienkirche y dedicó al concejo de la ciudad su más importante publicación, “Newe deutsche und lateinische geistliche Lieder” de 1614.

Después de aprobar las pruebas requeridas recibió por cierto el nombramiento el 1 de agosto de ese año y lo conservó hasta su muerte. Además de 15 canciones en alemán y 11 en latín, el volumen de 1614 incluye una “Pasión según San Mateo” de tres partes y algunas canciones de bodas y fúnebres. Casi toda la otra música publicada de Hoepner consiste en obras de circunstancia, incluyendo tres piezas de bodas, ocho himnos fúnebres y seis canciones  congratulatorias.

Son evidentemente obras perfectas y de carácter suficientemente general como para no haber sido echadas al olvido después de una sola interpretación. Una de las últimas es “Echo gratulatoria” de 1622, celebrando la graduación del hijo de Friedrich Hartmann, el impresor de Frankfurt que publicó 11 de las obras de Hoepner. No se ha hecho todavía un estudio detallado del estilo de la música de Hoepner, pero es difícil que sea muy diferente de la de su maestro Gesius, que era, sin embargo, doblemente superior a él.