Hacia 1582 era miembro del coro de la Abadía de Westminster donde, por patente del 3 de diciembre de 1588, llegó a ser maestro de los coristas. Hooper parece haber sido el primer organista nombrado regularmente en la abadía; su patente, fechada el 19 de mayo de 1606, fue renovada de por vida en 1616. El 1 de marzo de 1604 Hooper fue hecho Gentleman de la Capilla Real. Hay varias referencias a Hooper en la Chapel Royal Cheque Book y en las Cuentas de Lord  Chamberlain para ese periodo. Éstas incluyen concesiones para librea de duelo para los funerales de la Reina Elizabeth I (1603), del Príncipe Henry (1612) y de la Reina Anne (1618).

En noviembre  de 1615 Hooper había logrado la prestigiosa posición de Organista adjunto de la Capilla Real con Orlando Gibbons. Ocupó este cargo hasta su muerte. El 16 de julio de 1621 Hooper fue enterrado en los claustros de la Abadía de Westminster; su viuda, Margaret, fue enterrada allí el 7 de marzo de 1652. El hijo mayor de Hooper, James, que murió en diciembre de 1652, era vicario laico de la abadía de Westminster.

Con excepción de una cantidad pequeña de música de teclado encontrada en el Fitzwilliam Virginal Book y en otras dos fuentes, la música sobreviviente de Hooper consiste enteramente en composiciones sobre textos sagrados o semi sagrados.
Aunque no tan prolífico como sus contemporáneos, fue uno de los compositores más respetados de su generación. Casi cada fuente de la música litúrgica inglesa superviviente de la pre-restauración  contiene por lo menos una composición suya.  John Barnard seleccionó tres de los full anthems de Hooper para incluirlos en su “First Book of Selected Church Musick” (1641). La amplia y gran colección manuscrita de Barnard contiene seis extensos himnos además de un texto fragmentario de una de las colecciones de Preces de Hooper y dos de sus salmos  festivos.  Sir William Leighton  encargó a Hooper contribuir a su publicación de "The Teares or Lamentacions of a Sorrowfull Soule" (1614).

Otra música de Hooper impresa  en vida del compositor incluyó armonizaciones de melodías de salmos en los salterios de Thomas East (1592) y Thomas Ravenscroft (1621).  Mucha de la música de Hooper está marcada por un fuerte sentido de dirección tonal, a veces combinado con experimentos de negrita en el cromatismo. Su full anthem "Behold, it is Christ", uno de los himnos más populares de su periodo, es notable en este respecto. La popularidad anterior de la música de Hooper está en agudo contraste con su abandono actual.