Escasa información hay sobre su vida y su obra. Estudió con Jean-Noël Marchand y siguió a su padre y a su tío en el servicio real como violinista cuando entró en la chapelle en 1704. Probablemente era él, designado 'fils', el que estaba entre los músicos que asistieron a las festividades por el matrimonio de Felipe V de España en 1701–2. Se convirtió en ordinaire de la cámara real en 1710 y formó parte de los petits violons. Su "Premier oeuvre de sonates" (seis para violín y continuo, seis para dos violines y continuo), dedicada al rey, se publicó en París en 1713. Escribió música para orquesta, cámara y música vocal. 

Según Honegger algunos tríos para trompetas y timbal, danzas y fanfarrias atribuidos a ‘Huguenet' en la Bibliothèque Nationale y en la Bibliothèque de l'Opéra son probablemente de Jacques-Christophe; la ópera "La mort d'Orphée", citada por Eitner, no aparece en otra parte.

Su padre Pierre (1640–1721) y su tío Sébastien (1650–1721) eran violinistas que ocuparon varios cargos en el servicio real aproximadamente  desde 1659; un passepied en la Bibliothèque Nationale puede ser de Pierre. El Charles-Robert Huguenet citado como ordinaire de trompette en 1740 y 1747 puede ser el hijo de Jacques-Christophe.