Conocido en Italia como Giovanni Girolamo o Giovanni Geronimo Kapsperger. Nada se sabe sobre la fecha y lugar de su nacimiento. Su padre, Coronel Wilhelm Kapsperger, era oficial militar de la Casa Imperial de Austria, y puede haberse establecido en Venecia, ciudad que habría sido el lugar de nacimiento de Johannes. Después de 1605 Kapsberger se trasladó a Roma, donde logró rápidamente una reputación como brillante virtuoso.

Manuscrito de Kapsberger del Correnti 7 del "Libro primo d'intavolatura di lauto"

Cultivó conexiones con varios individuos poderosos y organizaciones; y él mismo organizó "academias" en su casa, las que se mencionaban como "las maravillas de Roma.". Alrededor de 1609 Kapsberger se casó con Gerolima di Rossi,  con quien tuvo tres hijos por lo menos. Empezó a publicar su música  alrededor de esa misma época, con más de una docena de colecciones de música que aparecieron durante los diez años siguientes. Éstas incluyeron el famoso "Libro I d'intavolatura di lauto" (1611), la única colección de música para laúd que sobrevive de Kapsberger.

En 1624 entró al servicio del cardenal Francesco Barberini, donde trabajó con numerosos compositores importantes (como Girolamo Frescobaldi y Stefano Landi) y poetas (que incluían a Giulio Rospigliosi, el futuro Papa Clemente IX). Kapsberger trabajó en la residencia de Barberini hasta 1646. Probablemente por su destreza en la ejecución de la tiorba llegó a ser conocido como "Il Tedesco della tiorba"

Por lo menos se publicaron seis colecciones durante su vida, dos de las cuales están actualmente perdidas. La escritura de Kapsberger se caracteriza, sobre todo en toccatas, por cambios espontáneos, contrastes agudos, inusuales agrupaciones rítmicas y, a veces, pasajes que no están hechos conforme a las reglas de contrapunto que estaban en uso en el momento. La inmensa mayoría de los críticos contemporáneos alaban la habilidad  compositiva e innovaciones de Kapsberger. Entre ellos Athanasius Kircher, que lo describió como un "genio extraordinario" y afirmó que había "penetrado con éxito  los secretos de la  música".

Portada del "Libro primo d'intavolatura di lauto" de Kapsberger

También, las toccatas de Kapsberger pueden haber influido en las de Girolamo Frescobaldi, tal como la música para laúd francesa habría, algunos años después, influenciado las suites de Johann Jakob Froberger. Algunos contemporáneos, como Stefano Landi, mencionaban que Kapsberger no era tan meticuloso como compositor  como lo era cual intérprete.  

Los rasgos listados más arriba han llevado a algunos estudiosos modernos a compartir esta visión y tienden a creer que Kapsberger era un compositor de habilidad inferior. Sin embargo, sin tener en cuenta cómo se consideren sus proezas compositivas, Kapsberger fue uno de los principales compositores de música para laúd y tiorba durante la era Barroca temprana (junto con Alessandro Piccinini) y contribuyó grandemente a adelantar los instrumentos de cuerdas pulsadas de su tiempo en Europa.

La otra música de Kapsberger incluye dos colecciones de danzas para conjunto instrumental, raro para ese periodo, y abundante música vocal que se interpretó ampliamente durante su vida, pero que es ahora críticamente menos aclamada. Kapsberger también escribió música de escena, casi toda actualmente perdida. El único trabajo superviviente de este tipo es “Apoteosis sive Consecratio SS Ignatii et Francisci Xaverii” (1622).

Compositor prolífico y muy original, es recordado hoy principalmente por su música para laúd, tiorba y chitarrone, que fue embrionaria en el desarrollo de éstos como instrumentos solistas.