Luego de la salida de Johann Kaspar Kerll en 1648 lo reemplazó como organista en la música privada  del Archiduque Leopold Wilhelm de Austria, Gobernador de los Países Bajos. En 1656 recibió cuatro meses de 'sueldos de la capilla real’, y en 1659 era allí el primer organista mejor pagado. Aparece en documentos posteriores a 1673 como ocupando este puesto y también hay una referencia a él en 1684. En los registros de su servicio fúnebre en Ste Catherine es descrito sólo como organista de esa iglesia. Fue enterrado el 9 de enero de 1702.

Muchas de las obras de Kerckhoven, todas para órgano, están basadas en la técnica del ricercare heredada de los compositores de teclado de principios del siglo XVII. Su tratamiento imaginativo de los temas recuerda los de Peeter Cornet. En las fantasías  y fugas más largas, sin embargo, sus desarrollos armónicos y formales son de apariencia más avanzada. Algunas de sus obras contienen indicaciones de registro, pero desgraciadamente casi nada se sabe de los órganos en los que tocó en la corte y en Ste Catherine.

El miembro de la familia Kerckhoven que contribuyó a los "Préludes et versets dans tous les tons, composés de divers auteurs" (de 1764, ahora perdido) era probablemente Melchior van der Kerckhoven (muerto en Bruselas, 1758), organista de la capilla real desde 1707 hasta su muerte; esto incluye un periodo como primero organista por lo menos desde 1737 hasta 1755, cuando se convirtió en segundo organista.