Su padre, un organista y constructor de órganos que había sido expulsado de Joachimstal (Bohemia), fue quien dió probablemente a su hijo también las primeras lecciones de música. A temprana edad Kerll llegó a Viena y conoció al archiduque Leopold Wilhelm, hermano del Emperador Ferdinand II, un patrón influyente y amigo. Esta relación le permitió recibir lecciones del Hofkapellmeister Giovanni Valentini y luego lo enviaron a ampliar sus estudios en Roma, donde fue enseñado por Carissimi y tal vez por Frescobaldi. En el período de estudios romanos aparece también la primera publicación de una composición de Kerll, una "Toccata sive Ricercata", en la colección editada en 1650 por Athanasius Kircher "Musurgia universales”.

Edición discográfica de obras de Johann Kaspar Kerll

La autenticidad de esta composición es discutible. La fe se desbordó, esencial para su futura carrera en el sur de Austria. El Archiduque Leopoldo Guillermo, gobernador de los Países Bajos desde 1647, le concedió un puesto de organista de la capilla de la corte en Bruselas, cargo que ocupó hasta 1656 Desde este año, Kerll se encuentra en Munich, donde ingresó en la corte de Baviera, primero como director musical asistente y después de la muerte del maestro de capilla Giovanni Giacomo Porro contratado como su sucesor. En esta posición, tuvo que superar muchos desafíos. Porque la incipiente ópera despertó mucho interés y atención en la princesa,  ya que en 1653 se representó en Munich por primera vez una ópera, "L'arpa festante" de GB Maccioni, lo que llevó a que se le encargara componer óperas. En 1657, su primera ópera,”Orgon”, fue realizada con motivo de la inauguración del nuevo teatro de Eröfnung.

La música de esta, así como de otras nueve óperas no se ha conservado. Sólo los libretos de cuatro de sus óperas se conocen. Por otra parte, Kerll escribió música sobre dramas jesuitas, un género que entonces disfrutaba de gran popularidad. Entre ellos se conserva una sola obra, “Pia  et Fortis mulier”, representada en Viena en 1677. También tuvo que escribir música para fiestas y espectáculos de ballet en diversas ocasiones y acontecimientos y dirigirla. Además de estas obligaciones mundanas estaba su interés principal en la música sacra. Dio a conocer en Munich por primera vez el famoso "stile concertato" italiano y compuso muchas Misas y conciertos religiosos. La colección impresa de 1669 en Munich “Delectus sacrarum cantionum" da una buena perspectiva de la dirección de su trabajo. Durante su estancia en Regensburg, donde fue empleado del nuevo emperador Leopoldo I, que admiraba su arte, fue elevado a la nobleza.

Kerll contaba, además de sus habilidades artísticas y de organización, con muchas libertades en su trabajo. A pesar de la excelente y muy buena posición y del prestigio de que disfrutaba Kerll en Munich, abandonó por sorpresa ese cargo en 1673 y se fue a Viena. Se supone que Kerll tomó esta decisión a consecuencia de las intrigas de los músicos italianos en la orquesta de la corte. Estando en Viena, al principio parece que no tuvo un trabajo estable, pero consiguió una pensión imperial desde 1675 y en 1677 fue nombrado organista de la corte, además de A. Poglietti. Kerll fue muy elogiado como organista, especialmente por sus improvisaciones al órgano. Entre sus alumnos se encontraban Agostino Steffani y Franz Xaver Murschhauser. Que J. Pachelbel, J. J. Fux y Elder G. Reutter hayan sido sus alumnos en Viena es una mera conjetura. En 1679,  a causa de la desenfrenada peste en Viena, Kerll se quedó con la Capilla Imperial de Praga. Probablemente a causa de la plaga murió su esposa.

Luego del feliz término del asedio de Viena por los turcos en 1683, Kerll escribió la misa memorial "En Solanum fletu". Poco después regresó a Munich. Durante la última década no se sabe nada más sobre su vida. Su tumba se encuentra en la Iglesia de San Agustín, en Munich. La creación de Kerll tiene dos puntos focales. Su importancia se basa inicialmente en su trabajo como profesor de instrumentos de teclado y como compositor de piezas para esta clase de instrumentos. El 1686 publicó en Munich la colección "Modulatio organica", que sirvió de modelo para toda una serie de publicaciones similares por J. Speth, F. X. A. Murschhauser, Th. Muffat, entre otros.

La influencia de Kerll llegó a G. F. Haendel y J. S. Bach. El segundo foco de su obra estuvo en el campo de la música de iglesia. En este aspecto Kerll fue uno de los representantes de la monarquía del sur austriaco. Dirección, que tuvo sus comienzos en la obra de los compositores Johann Stadlmayr, Christoph Straus y Giovanni Valentini, maestro de Kerll y que siguió en línea recta hasta Joseph Haydn y W. A. Mozart. Las características principales de esta dirección es el uso de una orquesta en la composición de misas que va en su mayor parte en paralelo con las voces,  dando un mayor protagonismo a los solos de órgano de tutti y articulación más clara de las distintas partes de cada frase. Kerll ocupa un papel clave en este desarrollo, ya que se ha inspirado en el proceso de la tradición musical italiana. Por lo tanto, su mérito reside sobre todo en el enriquecimiento de la música de iglesia a través de la introducción del “Geistlichen Konzerte” (Concierto espiritual).Ya en el siglo XVIII, sin embargo, la obra de Kerll cayó en el olvido.