Cuando niño Johann Kuhnau tenía una voz encantadora y un fuerte interés en la música. En 1669 fue matriculado en la Kreuzschule de Dresde, donde se convirtió en Rathsdiscantist, y obtuvo instrucción regular en música. Al cambiar la voz trabajó más duro, y además de su música aprendió italiano. La plaga de 1680 lo obligó a volver a casa, pero Geising no era ningún campo para su talento, y fue a Zittau donde trabajó en la escuela, hasta que la excelencia de un motete que escribió para el Rathswahl, o elección del concejo del pueblo, le procuró el puesto de Kantor, con un sueldo con el que podría estudiar tranquilo. Empezó disertando en francés.

Edición discográfica de las Obras Sacras Completas de Johann Kuhnau.

El próximo movimiento de Johann Kuhnau fue a Leipzig, en 1682, adonde su fama lo había precedido, y en esa ciudad musical echó anclas por el resto de su vida. En 1684 sucedió a Kühnel como organista en St. Thomas. Allí tuvo por alumnos a Johann David Heinichen y Christoph Graupner, los cuales se convertirían también en compositores. En 1688 fundó un ' Collegium Musicum', o serie de conciertos. Al mismo tiempo estaba estudiando leyes, y consiguió el título de abogado. En 1700 se hizo director musical de la Universidad y de las dos iglesias principales, y en 1701 Kantor. Después de esto ningún nuevo cargo fue posible.

Johann Kuhnau dejó traducciones de hebreo, griego, latin, Italiano y francés, y escribió poesía satírica muy original. De sus obras musicales las siguientes se nombran: “Jura circa musicos ecclesiasticos" (Leipzig, 1668); “Tractatus de tetrachordo”; “Introductio ad compositionem”, “Disputatio de triade” y “Der musickalische Quacksalber...  in einer kurtzweiligen und angenehmen Historie beschrieben” (Dresde, 1700), en la cual relata las aventuras de un personaje a través de la Alemania del siglo XVIII. Esta obra es de gran valor para entender el ambiente musical e histórico del periodo.

Johann Kuhnau a edad avanzada

La música vocal secular de Johann Kuhnau está toda perdida, pero muchas obras sacras sobreviven, principalmente las cantatas, pero también motetes sobre Corales, y otras piezas sacras, anticipando el estilo de J. S. Bach, su sucesor: ellas muestran escritura vocal lírica, fugas poderosas y contrastes dramáticos de textura que enfatizan el sentido retórico.

La música de clavecín de Johann Kuhnau es su gloria, y es la más grande figura entre los compositores alemanes de clavecín antes de J. S. Bach. Publicó cuatro juegos de piezas para teclado, incluyendo dos colecciones llamadas “Clavier-Übung” (cada una con siete partitas, unas en tonalidades mayores y otras en menores) y, su trabajo más conocido, las “Sonatas Bíblicas” que describen en música a veces ingenuamente pero con uso emprendedor de los recursos del clavicordio, los estados emocionales despertados por historias particulares de la Biblia.

Fue el inventor de la sonata como pieza en varios movimientos, no melodías bailables, la primera de las cuales, “Eine Sonata aus dem B”, en tres movimientos, se encuentra en su “Sieben Partien” (Leipzig, 1695). Siguió esto con otras trece: “Frische Clavier-Früchte”, o “Sieben Sonaten” (Dresde y Leipzig, 1696), que fue la primera publicación en la que se otorga el nombre de sonata a una obra para solista; “Biblische Historien nebst Auslegung in sechs Sonaten”, que resulta particularmente interesante, pues incluye algunos de los ejemplos más tempranos de música programática extensa, que intenta describir asuntos mucho más variados que piezas de épocas anteriores de Byrd o Frescobaldi que representaban batallas. La 4ª de estas últimas sonatas sirvió de estímulo a Bach para componer su Capriccio en Si bemol Mayor BWV 992 "Al marcharse el querido hermano". También escribió música religiosa en forma de cantatas.

El sucesor de Johann Kuhnau como Thomaskantor fue J.S. Bach, en 1723. Kuhnau J.S inspiró a Bach en su elección del título Clavier-Übung para cuatro publicaciones de teclado. Colaboró con J.S. Bach en el examen de un órgano en Halle en 1716. Además, el sobrino de Kuhnau, Johann Andreas Kuhnau, fue primer copista principal de partes de cantatas de Bach y debe de haber disfrutado una asociación íntima con el nuevo Kantor. Johann Kuhnau es uno de los pilares de la escuela alemana del clavecín.