Bautizado como Giovanni Ambrogio Leinati, se sabe de él por primera vez durante el periodo 1665–67 como violinista de la capilla real en Nápoles. En 1667 cantó también allí el papel cómico de Lesbo en una producción de "Scipione africano" de Cavalli, cuyo libreto se refiere a él como 'milanese'. Los archivos de la Congregazione di Santa Cecilia muestran que hacia 1668 estaba en Roma, donde participó en varias producciones romanas de oratorio y festividades en iglesias como San Luigi dei Francesi, San Francesco, San Marcello, San Giovanni dei Fiorentini y San Giacomo degli Spagnoli.

Por lo menos desde 1673 también sirvió a la expatriada Reina Christina de Suecia como director de su orquesta de cuerdas. En esa época adquirió el apodo de ‘Il gobbo della regina' (‘el jorobado de la reina',) por el que se hizo ampliamente conocido. Cantó el papel cómico de Vafrindo en "Amor per vendetta" de Pasquini en el Teatro Tordinona en 1673. Papeles similares que requieren un 'gobbo' o 'nano' en óperas para el Tordinona  (Il novello Giasone, 1671; Eliogabalo, 1673; Massenzio, 1673–74) también contaron con su participación, y puede haber una alusión a él en una escena de la partitura romana "Narciso" de Borzio.

Mucha especulación sobre su amistad con Stradella y el escandaloso enredo que podría haber precipitado la salida de ambos de Roma en 1677 está basada en la biografía romántica de Stradella escrita por Giazotto (1962) que debe leerse con cautela. Actuó como empresario y compositor del Teatro Falcone en Génova en la temporada de los años 1677–78, donde Stradella se le unió. Allí produjo el dramma per musica de Pasquini "L'Amor per vendetta" bajo el título "Amor stravagante" (1677), quizás con música adicional suya, y su "Amor per destino" sobre un libreto de Minato. En 1682, después del asesinato de Stradella y las investigaciones resultantes, fue deportado a Genova; trató de volver en 1683 sin éxito.

Un violinista llamado ‘Gobbo' o ‘Gobbetto' figura en la lista de gastos de San Luigi dei Francesi, Roma, en 1682–3. Estaba definitivamente en el servicio de los duques de Mantua como 'virtuoso' entre 1684 y 1686, cuando escribió su "Ariberto e Flavio regi de’ Longobardi" para el Teatro veneciano San Salvador y dos obras para la  corte Modenesa, la ópera "I due germani rivali" y el oratorio "L'innocenza di Davide"; también puede haber estado a cargo allí de la reposición de "Il trespolo tutore" de Stradella en 1686. Colaboró en varias producciones milanesas en los años 1680 y 1690. Las arias adicionales en la partitura veronesa de "Tullo Ostilio" de Marc'Antonio Ziani pueden indicar una actividad como revisor de óperas de otros en ese periodo y región. Parece haber acompañado al famoso castrato G. F. Grossi en su visita a Inglaterra a comienzos de 1687.

Lonati aparentemente pasó sus últimos años en Milán pero también puede haber tenido algún contacto con Viena, puesto que dedicó un volumen de cantatas y el juego de 12 sonatas para violín (1701) al Emperador Leopoldo I. Según "Il trionfo della pratica musicale" de Veracini, Lonati pasó algún tiempo en prisión. No debe ser confundido con Antonio, Angelo o Ascanio Lonati, que firmaron varios libretos milaneses en los años 1670.

Sus nueve trío sonatas existentes –todas llamadas simfonie– siguen el estilo general de la sonata pre Corelliana romana usada por sus contemporáneos Colista, Stradella y Mannelli. . Sus cantatas causan admiración y son dignas de compararse con las de Stradella y Alessandro Scarlatti. Aunque Lonati se destacópor su ejecución del violín y su composición instrumental, también hizo una contribución significativa a la ópera, como intérprete y compositor. Sus óperas genovesas parecen no haber tenido mucho éxito a pesar de la excelente escritura musical, sobre todo en las arias acompañadas.