Förckelrath se casó con la viuda y fue el primer maestro del joven Vincent. Posiblemente Vincent también puede haber estudiado con Andreas Kneller, con cuya música para teclado muestran paralelos sus propias obras. Hacia fines de 1674 Lübeck se convirtió en organista de St Cosmae et Damiani, Stade, cerca de Hamburgo, casándose, como era costumbre, con la hija de su predecesor, Susanne Becker. El hermoso órgano que Arp Schnitger completó allí en 1679 fue sin ninguna duda un factor que lo persuadió para permanecer allí hasta 1702. Su magnífica reputación le permitió ganar luego el cargo de organista de la Nikolaikirche, Hamburgo, que conservó hasta su muerte. Esta iglesia tenía también un órgano de Schnitger, un instrumento de  cuatro teclados de 67 registros, uno de los más grandes del mundo, que fue considerado el mejor en una próspera ciudad musical. En su posdata de Musicalische Handleitung de F. E. Niedt (Hamburgo, 2/1721), Mattheson resume esto como sigue: ‘Este órgano extraordinario… también tiene un organista extraordinario. ¿Pero cómo exaltar a alguien que ya es muy renombrado? Sólo necesito dar su nombre, Vincent Lübeck, para completar el panegírico completo'.

Numerosos documentos de la época atestan su amplia reputación como consultor de órganos a lo largo de Alemania del norte. En varias ocasiones dictaminó sobre los trabajos de Schnitger, no sólo en las iglesias de ciudades grandes como Hamburgo (Nikolaikirche, Georgenkirche, Jacobikirche) y Bremen (St Stephani Catedral), sino también en las de Oberndorf (Georgenkirche), Hollern (St Mauricio), Sittensen (St Dionys) y otros lugares más pequeños. Como profesor fue después muy solicitado y cobraba hasta 20 thaler al mes por alumno, más de lo que recibía de sueldo como organista. Sus alumnos más importantes incluyen a C. H. Postel y M. J. F. Wiedeburg; también enseñó a dos de sus hijos, Peter Paul (1680-1732), quién lo siguió a Stade, y Vincent Lübeck (III).

A pesar de las oportunidades frecuentes de Lübeck para desplegar sus dotes de compositor e intérprete, sobre todo en los servicios de sábado de Vísperas, sólo se conocen nueve obras para  órgano suyas. Sin embrago incluso estas pocas demuestran ampliamente la destacada posición que ocupó, junto con Buxtehude y Bruhns, en música de órgano alemana del norte alrededor de 1700. Sus "Praeludium" y "Praeambulum" han sido descritos como virtualmente el último eslabón entre la toccata de órgano alemana del norte y las de Johann Sebastian Bach, aunque Lübeck concedió menos importancia al concepto de stylus fantasticus. En general su estilo, así como el de Bruhns, deriva de Buxtehude, particularmente en su escritura polifónica, el carácter de los temas de fuga y una afición por la doble fuga.

Existen cinco cantatas sacras y otras14 se conocen por sus títulos o por textos parciales. Todas datan de la época de Lübeck en Stade, y los libretos a los que puso música incluyen algunos proporcionados por el Kantor Eobaldus Laurentii entre 1693 y 1702.