No tenemos ninguna información acerca de los orígenes de este importante compositor, activo en Milán a fines del siglo XVII y principios del siglo XVIII. La hipótesis avanzada por Boorman (The New Grove Dict.), que Magni podría ser el hijo de Bartolomeo Magni, el impresor musical activo en Ravenna en las primeras décadas de siglo XVII, no encuentra ninguna comprobación. Tampoco se dispone de datos para establecer parentesco con el contemporáneo Giuseppe Magni, confundido con Paolo en los primeros léxicos. Del tal Giuseppe sólo se conoce el libreto anónimo de "Decio in Foligno", 1697, ópera que le atribuyó Giovanni Cinelli Calvoli, que lo dice organista de la catedral de Foligno.

La solictud de retiro de Magni, primero del puesto de organista de la catedral (1716) y luego de maestro di cappella de la corte ducal (1718), presentada presumiblemente después de los sesenta y cinco años de edad, y su fecha de la muerte, atestiguada el 21 de febrero de 1737, hacen razonable fijar 1650 como año de su nacimiento. En cambio, es probable excluir que sea Magni el autor de la música de "Gratitudine umana" (1670), en parte sobreviviente en el Archivo Borromeo de la Isola Bella. La ópera, con libreto de Carlo Maria Maggi, creada en el teatro privado de Vitaliano Borromeo, en la Isola Bella en Lago Maggiore. Por otra parte en 1670 Magni debía ser demasiado joven para que le fuera asignada la composición de una ópera entera; unos años más tarde sin embargo, como clavecinista y superintendente de la orquesta de la corte (la del teatro Regio) habría podido sin duda actualizar las partituras destinados a los espectáculos públicos.

Una carta de mayo de 1674 de V. Borromeo a Giovanni de Cabrera y Toledo, conde de Melgar, gobernador de Milán desde 1678, informa sobre el rol de Magni. En referencia a la partitura de "Bianca di Castiglia" (libreto de Maggi, música de Francesco Rossi), representada el canaval anterior, Magni tuvo a su cargo la música y la supervisión de las distribuciones y disposiciones de las partes, un papel que ya revela una figura prominente dentro de la orquesta, si no ya maestro di cappella. Después de "Affari ed amori", durante muchos años no hay ninguna noticia de sus actividades en el Regio.

Un motete para voz solista, "Ad pugnas o furie" apareció en Milán en 1679, y nuevamente en 1681, por los tipos de Francesco Vigoni, en la "Nuova raccolta de' mottetti sacri", editada por su hijo Carlo Federico Vigoni. Este motete tiene una cantata multi seccional como estructura, con arias en medidas y ritmos contrastantes; requiere considerable agilidad vocal y demuestra quizás un poco más habilidad que el promedio. Fue el comienzo de la actividad de Magni en el ámbito eclesiástico, que el 31 de enero de 1686 le permitió obtener el puesto en el segundo órgano de la catedral para pasar dos años después, el 22 de diciembre de 1688, al primer órgano, primero confiado a Teodoro Casati. Durante la mayor parte de ese periodo fue también maestro di cappella de la corte milanesa, con la composición de óperas, a menudo en colaboración con otros, como una de sus funciones principales.

En 1691 -episodio que lo revela compositor muy apreciado en la corte- se le encargó el oratorio "I sacri sponsali di Maria con San Giuseppe" por el futuro virrey de Sicilia, Carlo Antonio Spinola, hijo del ex gobernador de Milán Paolo Spinola Doria, y esposo de Isabella de la Cerda, a quien en 1694 le sería dedicado el "Aiace" con música de Magni. Del oratorio, ofrecido con ocasión de la visita del embajador imperial para la coronación de Giuseppe de Habsburgo como rey de los romanos (Augsburgo, 1690), queda sólo el libreto.

Es del año siguiente la participación en la ópera de N. Minato "Scipione Africano" (representada por primera vez el 3 de febrero de 1692 en Milán), como se ilustra en el libreto: 'los autores son el Sr. Gio. Ambrogio Leinati llamado Carlo Ambrogio Lonati en el primer acto y en el comienzo del tercero; en el acto segundo y en el final del tercero el Sr. Paolo Magni'. Ese mismo año fue puesta en escena en Lodi, pero aún como producción de los empresarios del Regio, "Endimione" de Francesco de Lemene, en la que Magni contribuyó con la música del primer acto (el segundo y último fue asignado a Giacomo Griffini, maestro di cappella de la Incoronata de Lodi).

La temporada de carnaval de 1693 se suspendió por un luto en la corte, y para el año siguiente aparece nuevamente el nombre de Magni que, con los habituales Lonati y Francesco Ballarotti, compartió las cargas de la segunda ópera de la temporada, "Aiace", nueva obra de Pietro Averara para las cuerdas del protagonista Domenico Cecchi llamado Cortona, castrado muy admirado y frecuente en la escena milanesa desde 1689. La música -caso excepcional para las óperas del Regio- se ha conservado y muestra una escritura rica de virtuosismos, tal vez estimulada por la calidad de los intérpretes. La ópera logró un éxito notable, por lo que la Gazzetta di Milano la menciona tres veces. Magni debió contribuir al éxito de la ópera pues el siguiente carnaval (1695) fue encargado de escribir toda la música para "Radamisto" o "La fede nelle sventure" (poesía del marqués Manfredo Trecchi). Los elogios incluidos en el libreto demuestran por primera vez el rol de Magni, reconocido oficialmente. Precediendo a Magni en su calidad de maestro di cappella de la corte había estado T. Casati, a quien Magni había reemplazado siete años antes en el órgano de la catedral: es por lo tanto posible que Magni hubiere asumido ambas posiciones desde diciembre de 1688.

Hasta mediados de la segunda década del siglo XVIII, cuando alcanzó la jubilación, Magni continuó componiendo para el escenario del Regio. No siempre los libretos lo nombran explícitamente, y tal como se documenta debe considerarse sólo una pequeña parte de su actividad. Magni también participó en celebraciones, como la de 1696, titulada Etna festivo, por el nacimiento del primogénito de Isabella de la Cerda, en colaboración con otros 18 compositores, y escribió ocasionalmente música para producciones uera de la ciudad. En 1705 se representó en Pavia "Meleagro", libreto anónimo que podría coincidir con el omónimo de Pietro Antonio Bernardoni musicalizado por Marcantonio Ziani el año siguiente; aquí Magni trabajó con Antonio Francesco Martinenghi (acto I) y Bernardo Sabadini (acto III).

En 1716 Magni dejó el puesto de primer organista de la catedral a Giovanni Battista Busto manteniendo el salario. Del mismo modo, dos años más tarde fue reemplazado en la corte por el milanés Giuseppe Vignati, aunque al principio había considerado su sucesor al menos conocido Francesco Messa. Al igual que en 1679, cuando una colección del impresor Vigoni abrió la carrera de M, así ahora, al final de la parábola composicional, otra colección del mismo, "Armonie di Pindo" (1712) -que incluye una cantata para voz solista de compositor ("Tutto è dolce a chi ben ama")- decreta el fin del pequeño número de canciones sobrevivientes de Magni.