Maier regresó a Holstein para practicar la medicina. Alrededor de 1599, se interesó por la alquimia y trató de crear una concordancia alquímica, sintetizando las obras de diferentes autores. En 1608, fue a Praga, entonces un famoso centro de actividad intelectual de naturaleza hermética, y el 19 de septiembre de 1609, formalmente entró al servicio de Rudolf II como su médico y consejero imperial. Diez días más tarde, Rudolf lo elevó a la nobleza hereditaria y le dio el título de conde palatino imperial. Se le concedió un escudo de armas que representaba a un pájaro, unido con una rana por una cadena de oro. Alrededor de este tiempo, Maier publicó una tirada muy limitada de "De Medicina Regia et vere Heroica, Coelidonia" (1609), incluyendo en ella su autobiografía. El interés del emperador en el ocultismo fue la razón de su gran estima por Maier. No obstante, en abril de 1611, Maier dejó la corte de Rudolf y fue en busca de un nuevo patrón. Mantuvo correspondía con Moritz de Hessen-Kassel, y visitó al cuñado de Hessen-Kassel, conde Ernst III de Holstein-Schauenburg.

Frontispicio de "Atalanta fugiens" de Michael Maier - 1617

En 1611 visitó Amsterdam. Después de la muerte de Rudolf en 1612, viajó a Inglaterra, donde conoció a Robert Fludd y se convirtió en uno de los principales defensores del movimiento Rosacruz. Entre 1611 y 1616, Maier pasó tiempo en Inglaterra en la corte de James I. Su primer libro bien conocido, "Arcana arcanissima", fue publicado en Londres en 1613 o 1614, y dedicó copias a un número de notables, incluyendo al obispo de Ely y Sir Thomas Smith de la Compañía de las Indias Orientales.

Volvió a Praga en 1616, pero, encontrando la corte notablemente menos receptiva a la alquimia que anteriormente, se trasladó a Kassel como médico de Moritz, landgrave de Hesse, que estaba influenciado por el misticismo de la alquimia y también era un notable patrocinador de la música. En 1620 se trasladó a Magdeburgo para practicar la medicina, donde murió a la edad de 54 años, dejando una notable cantidad de obras inéditas.

Escribió unos 20 libros sobre filosofía hermética. Algunos de éstos se refieren a varios aspectos del simbolismo musical de los planetas (por ejemplo la música de las esferas y el paralelismo de metales y sonidos), de animales (cisne, ruiseñor, ganso, oveja y abeja) y de los mitos griegos (por ejemplo Apolo y las Musas, Hermione y Atlanta).

Para los músicos, la obra inmediatamente más interesante de Maier es "Atalanta fugiens" (Oppenheim, 1617, 2/1618), un libro de emblemas, cada uno de los cuales se expresa musicalmente así como visualmente y se interpreta a través de un comentario filosófico. Lo dedicó a los miembros del consistorio imperial de Mühlhausen, especialmente a Cristóbal Reinart, jurista y conde palatino. Se trata de un libro “total” en el que se asocian imágenes, texto y música con el fin, según Maier, de abrazar a la vez los tres objetos de los sentidos más espirituales, a saber: la vista, el oído y la inteligencia misma. La música consiste en 50 cánones de dos partes sobre un cantus firmus solo, el Christe del plainchant "Kirie Cunctipotens genitor", cuyo texto tropo, corriente en las antologías literarias protestantes, tenía significación alegórica para Maier. Sin embargo no se sabe que haya estudiado música.

Maier parece haber sido atraído por la "Synopsis musicae novae" (1612) de Johannes Lippius, que primero adelantó una teoría triádica de la armonía conectando la tríada musical con el misterio de la Trinidad. Lippius ofrecía un método compositivo simple basado en tríadas en posición de raíz sobre un bajo, con el que Maier, que no era un músico profesional, parece haber experimentado para componer sus cánones. Estos son indudablemente torpes, llenos de cuartas expuestas y consecutivo quintas y octavas, y melódicamente triviales. Su trivialidad musical tiene más preponderancia, sin embargo, por su ambición intelectual.

Un luterano devoto toda su vida, Michael Maier tuvo una fuerte influencia en Sir Isaac Newton. También estuvo involucrado en el movimiento Rosacruz que apareció alrededor de ese tiempo, lo que proporcionó parte del tema de su "Themis aurea".