Asistió a la escuela primaria de Schwerin. En 1567 se matriculó en la Universidad de Rostock con una beca del Duque Johann Albrecht von Mecklenburg. El 1 de enero de 1572 fue nombrado Kantor en Schwerin. Sus deberes incluían cantar regularmente en la corte de Schwerin durante los servicios y en la mesa, como había hecho cuando era miembro del coro escolar.

En 1576 fue nombrado Kapellmeister del Duque Ulrich en Güstrow, pero después de sólo seis meses lo obligaron volver a Schwerin para reemplazar a un Kantor incompetente. Desde 1579 hasta 1581 fue tenor de la corte en Berlín, y desde 1583 a más tardar estuvo en Gröningen al servicio del Obispo de Halberstadt, que después se convirtió en Duque Heinrich Julius de Brunswick-Wolfenbüttel; desde 1584 fue Kapellmeister en Gröningen.

En 1587 el Duque Julius, padre del obispo, confió a Mancinus la fundación de la Wolfenbüttel Hofkantorei que, desde 1589 bajo el reinado del Duque Heinrich Julius, llegó a ser uno de los principales colegios de música de corte en Alemania. Mancinus dirigió la Kantorei hasta su jubilación en 1604. Pavimentó allí el camino para el influyente trabajo de Michael Praetorius, su sucesor. Dos de los hijos de Mancinus, Thomas (quién tomó parte en la competencia para el órgano de Gröningen en 1596) y Jacob (laudista), también sirvieron en la corte de Wolfenbüttel.

Las obras más conocidas de Mancinus son las ‘dramáticas' Pasiones, compuestas antes de 1602, que regresan al estilo de Johann Walter. En 1588 Mancinus pidió apoyo financiero para la impresión de una colección de 67 motetes; solamente 12 pueden ubicarse ahora impresos o en manuscrito, y sólo seis están completos. Éstos dan evidencia de un sólido entrenamiento en el oficio; si fuera juzgado por algunas secciones, Mancinus  se alinearía entre los mejores compositores alemanes de finales del  siglo XVI, pero la calidad es desigual y en otras secciones logra efectos armónicos sólo a expensas de la melodía.

Sus canciones seculares de 1588 muestra una fuerte influencia italiana; seis tienen textos italianos. Las canciones con textos alemanes también están en parte basadas en la canzonetta y en parte en el madrigal, pero a pesar de su estilo italiano tienen todavía una cierta pesadez de alemán del norte. La colección de canciones termina con una fantasía instrumental. De las 26 bicinia en la colección  de 1597 siete tienen textos italianos, y 16 son piezas de práctica instrumental sin textos.