Cantó como tenor en la capilla real de Felipe IV desde diciembre de 1644 hasta junio de 1649, recibiendo un aumento del sueldo sustancial en  enero de 1648. Después de viajes posiblemente a Roma para su ordenación y a las Indias, había regresado alrededor de 1654 cuando, según los Avisos de Jerónimo Barrionuevo y otros documentos, se vio envuelto en actos delictivos de robo y homicidio. Se sabe que fue detenido junto a Juan Bautista Diamante (1625-1687), bien conocido dramaturgo de la época. Marín y Diamante fueron torturados, y al músico le pusieron pesados grilletes en la cárcel, siendo condenado a diversas penas, secularizado y desterrado por diez años. Posteriormente se arrepintió de su vida aventurera, siéndole restituidas las licencias eclesiásticas. Se dice que a partir de entonces fue un hombre de vida ejemplar hasta su muerte.

Marín posiblemente era cantante en el Convento de la Encarnación durante este tiempo, pues su petición de 1692 menciona 14 años en el servicio real, pero esto no está confirmado. No aparece en documentos oficiales entre 1663–91, pero en 1674 Domingo Ortiz de Zárate, un tenor del convento Mercedario de Madrid, envió una pieza vocal de Marín a un amigo en Segovia.

Entre 1686 y 1694 Martín García de Olague, organista del convento Trinitario de Madrid y desde 1695 de la Catedral de Cuenca, copió un manuscrito (posiblemente encargado por Miguel Martín, un adulto cantante tiple de la capilla real) de 51 tonos vernáculos seculares, compuesto o arreglado por Marín en una versión para voz y guitarra de cinco cuerdas, conocido como el "Cancionero de Marín". Los recursos financieros de Marín eran probablemente limitados, puesto que pidió pensiones reales en base a pobreza en  enero de 1649 y en abril de 1692 y murió intestado. La Gazeta de Madrid del 17 de marzo de 1699 informaba: "Murió Don Joseph Marin, de edad de ochenta años, conocido dentro y fuera de España por su rara habilidad en la composición y execución de la música".

Además del Cancionero, otros diez tonos seculares y dos sacros sobreviven. Los tonos de Marín aprovechan del todo las convenciones armónicas y rítmicas del español, con sus cadencias distintivas y las extensas hemiolas. "Corazón que en prisión" (Cancionero, Nº 10; editado por E. Pujol, París, sin fecha) aparece en por lo menos 12 concordancias musicales y textuales. En el Cancionero la parte de la guitarra es similar en estilo al Poema harmónico de Francisco Guerau (Madrid, 1694), con dos y tres discretas realizaciones de continuo sin cuerdas rasgueadas. La colección es importante, no sólo como un cuerpo significativo de música sino también como uno de los pocos ejemplos supervivientes de realizaciones completas de partes de continuo españolas del siglo XVII.