No se conocen el lugar ni la fecha de nacimiento de este músico originario de Como o de Pavía, pero sin base documental sólida. En junio de 1658 obtuvo el cargo de maestro di cappella de la catedral de Vercelli, donde probablemente había sido antes director del coro. Al mismo tiempo, también ocupó el cargo de prefecto y profesor en el seminario local. El ejercicio de estas tareas se confirma en su primera obra impresa ("Sacri concerti a voce sola… opera prima", Milán 1661), de la que se desprende que su formación había tenido lugar en la escuela de Tarquinio Merula en Cremona.

Permaneció en servicio en Vercelli seguramente hasta 1663. A partir de 1665 aparece al servicio de la Confraternita o Compagnia della Morte de Ferrara. Por los meses de febrero y marzo de ese año, el marqués Pio Enea Obizzi, gobernador de la Confraternidad, firmó una orden de pago a su favor por haber servido como organista. En el verano, sin embargo, ya figura como maestro di cappella de la Accademia della Morte (en el orgánico de la compañía los papeles eran separados y asignados a dos personas diferentes), oficio que desempeñó durante el resto de su vida.

Edición discográfica de "Il prrimo libro delle Sonate..." de Giovanni Battista Mazzaferrata

La Academia era una filial de la homónima Confraternidad laica nacida a mediados del siglo XIV con fines benéficos, en particular para ayudar a detenidos y condenados a muerte. Además de financiar sus propias iniciativas asistenciales, la institución, gracias a las contribuciones de los miembros y a donaciones, mantenía un grupo vocal e instrumental con la tarea de proporcionar la música en las diversas ocasiones de celebración, y en particular en la recurrencia principal de la Hermandad, la fiesta de la Cruz, que caía el 3 de mayo. Para mantener el prestigio de la institución, en ese día se organizaban eventos solemnes en los que se invertían grandes sumas de dinero, llamando también a cantantes e instrumentistas, a menudo forasteros, para unirse al pequeño conjunto en servicio permanente.

Entre los primeros pagos documentados en favor de Mazzaferrata por la tarea de maestro di cappella de la Academia existe de hecho la liquidación de la compensación debida a la música compuesta para las fiestas de la Cruz de 1665 y 1666. Luego, prácticamente cada año, son registrados en el Archivo de la Confraternidad desembolsos similares, junto con el pago de salarios. A cambio de la composición y del depósito en el Archivo de la Academia de la música para la fiesta (por lo general misa y vísperas) Mazzaferrata recibía una importante donación extra, 12 escudos, igual al doble de su salario mensual. La Compañía y la Academia, aunque estrechamente relacionadas, mantenían cuentas separadas. A diferencia de otros músicos, el maestro di cappella y el organista no eran pagados por la Academia, sino por la Comañía, de la que entonces dependía Mazzaferrata directamente. Aunque la casa le era proporcionada por la Confraternidad.

En los años setenta se alojaba en el ospedale dei Pellegrini (también conocido como ospedale della Morte), otra institución de caridad vinculada con la Compañía. Cuando en 1671 el prior del ospedale dejó su puesto, Mazzaferrata se ofreció para reemplazarlo de forma gratuita, siempre que se le asignaran los locales liberados por su predecesor, para añadirlos a su apartamento, que se había vuelto demasiado pequeño para las necesidades de la familia. La Compañía aceptó la propuesta, reconociéndole incluso una remuneración adicional por el servicio. Se puede llegar a conocer la composición de la familia de Mazzaferrata dos años más tarde, cuando, por encontrarse en serios problemas financieros, presentó una serie de peticiones para el pago de la música compuesta para las últimas tres fiestas de la Cruz, que todavía no había podido depositar en el Archivo de la Academia. En ese momento estaba enfermo, al igual que el resto de la familia, compuesta por su esposa, una hija y un hijo enfermos de viruela. Anteriormente había tenido dos hijos más: Carlo Girolamo, que murió en 1668, y Alessandro, muerto el año siguiente.

La página de título de la tercera edición de su Op 3 indica que todavía era maestro cuando esta se publicó en 1680, pero en la tercera edición de su Op 2, que apareció en 1683, se declara expresamente que ‘anteriormente' ocupó el puesto. Es posible que se trasladara a Toscana a comienzos de los años 1680 (su oratorio "L'efficacia della fede" se realizó en Siena en 1684 y sus oratorios aun disfrutaron algún éxito en Toscana después de su muerte), pero según Bennati, volvió a Ferrara antes de morir, y fue al parecer maestro di cappella en la catedral por un tiempo.

A partir de mediados de los años setenta del siglo XVII en Ferrara, como en otras ciudades de los Estados Pontificios, hubo un incremento extraordinario de la representación de oratorios en lengua vernácula. La iglesia de la Confraternita della Morte se convirtió en uno de los centros más activos en este tipo de representaciones. En 1675 fueron resentados allí tres oratorios compuestos por dos organistas de la Academia, Bonaventura Aleotti ("David penitente") y Giovan Battista Bassani ("Epulone" y "L’esaltazione della Croce"); y en 1676, "Il Sedecia" de Giovanni Legrenzi. Desde 1677 Mazzaferrata también se adaptó al nuevo curso y comenzó a proporcionar oratorios para representarlos en la iglesia de la Confraternidad.

No se conocen composiciones de Mazzaferrata para el teatro. En una carta de mayo de 1681 el cantante y músico Filippo Melani Ferrara escribió a Ferrara al marqués Ippolito Bentivoglio que los miembros de la Academia del Casino de Florencia tenían intención, si hubiera necesidad de componer una nueva ópera, encargársela a Mazzaferrata y no más a Bernardo Pasquini. El proyecto nunca pudo realizarse, porque Mazzaferrata murió en Ferrara el 25 de febrero de 1681; fue enterrado al día siguiente en la iglesia de la Confraternita della Morte, donde el 8 de marzo se celebró el funeral solemne. Doce sonatas para órgano de Mazzaferrata se conservan en manuscrito en la Biblioteca Apostólica del Vaticano; varias copias manuscritas de composiciones de Mazzaferrata también se encuentran en las bibliotecas de los conservatorios de Bolonia, Nápoles y Roma, y en la Biblioteca Piccolomini de la catedral de Siena.

Mazzaferrata fue uno de los más singulares compositores italianos menores de su tiempo. Las sonatas de su Op 5 son particularmente interesantes, no sólo por su valor musical intrínseco sino también por la naturaleza orgánica de su forma, y parecen haber influido en las sonatas de Giovanni Battista Bassani. Están escritas en los cuatro movimientos usuales, generalmente con signaturas de tiempo y tempos contrastantes (aunque la última sonata tiene cuatro movimientos Allegro), y se distinguen por una extraordinaria vivacidad. Mazzaferrata es por otra parte conocido como compositor de música de cámara vocal sacra y secular que, en sus mejores obras, es fresca, vivaz y equilibrada; las cantatas de cámara del Op 4 son excelentes ejemplos. Su producción llega hasta el Madrigal, a canciones y a cantatas seculares (por las cuales declara en la dedicatoria que precede a la colección impresa en Bolonia en 1668 'para robar tiempo al tiempo', en las pocas horas que le concedía su 'empleo nunca ocioso').