Según Moller provenía del área alrededor de Hannover y habría nacido en 1638 o antes en Peine. La primera información definida que tenemos es que Meister fue reclutado por el Kapellmeister de Hannover Nicolaus Adam Strungk el 20 de enero de 1677 como director de música de la Kapelle de la corte del Duque Ferdinand Albrecht I de Brunswick-Lüneburg en Schloss Bevern.

Edición discográfica de "Il giardino del piacere" de Johann Friedrich Meister

Prolongadas disputas entre el duque y sus músicos, principalmente sobre la paga, culminaron con el encarcelamiento de Meister a principios de octubre de 1678. Con la ayuda de amigos logró escapar y, a pesar de ser perseguido, obtuvo otro puesto al servicio del Obispo August Friedrich de Lübeck en Eutin.

El 18 de abril de 1683 sucedió a Caspar Ferkelrath como organista de la Marienkirche, Flensburg, donde sus deberes incluían la composición de música sacra vocal, así como tocar el órgano. Estaba en términos amistosos con la cercana familia ducal de Schloss Glücksburg, y su música instrumental puede haber sido compuesta para interpretarse allí. Los miembros de la familia ducal fueron padrinos de dos de sus niños.

Muchas de las cantatas de iglesia de Meister están en forma de verso, incluso cuando usan textos bíblicos en prosa. Los versos individuales siguen varios modelos estructurales, a menudo atados juntos en una sucesión regular de concierto, aria y coral.  La cantata solista "Ach, Herr, straf mich nicht" es notable por el uso expresivo de figuras musicales para subrayar el significado del texto, pero tal palabra pintada sólo se emplea económicamente en las otras cantatas. "Il giardino del piacere" consiste en 12 suites, cada una con entre tres y siete movimientos, escritas para una combinación de sonata trío.