Frontispicio de "Compendium Musicae Instrumentalis" de Daniel Merck - 1695

Su maestro fue Tobias Kriegsdorfer y compartió estudios con Georg Schmezer y Jakob Scheiffelhut. Desde aproximadamente 1678 fue Kantor de la Barfüsserkirche y desde 1686 también un valioso maestro de instrumentos de cuerda en St. Anna . En 1697 se le registra como servidor de la ciudad.

A la muerte de Georg Schmezer en 1697 lo sucedió como Kantor y director de música de St Anna ese mismo año, y mantuvo este puesto hasta 1712.

En 1695 compuso su obra didáctica sobre instrumentos de cuerda, "Compendium musicae instrumentalis Chelicae, das ist: kurtzer Begriff, welcher Gestalten die Instrumental-Music auf der Violin, Pratschen, Viola da Gamba, und Bass gründlich und leicht zu erlernen seye" (Augsburg, 1695). Este trabajo está dedicado al violinista normal y es el primer texto de estudios alemán para instrumentos de cuerdas.

Sin embargo, Merck menciona en su obra grandes violinistas de su tiempo, como Johann Jakob Walther o Heinrich Ignaz Franz Biber, 'Lo que las significan las palabras Spiccato, Arpeggiato, además de virtuosismo artístico, para maestros como Herrn von Biber'. También se trata la ejecución de conjuntos de dedos y el violín barroco de hoy es una ayuda en el estudio de la práctica histórica de ejecución. El vibrato que se utiliza como adorno se marca con una 'm'.

Además se dice que Merck compuso dos canciones fúnebres y la música para la obra escénica "Cevilinda", producida en 1702 en la sala Meistersinger de Augsburgo.