En 1602 viajó a Rusia como instrumentista principal del hermano menor de Christian IV. Después de su regreso a Copenhague en 1603 descubrió que su puesto había sido ocupado por alguien más y por lo tanto abandonó el país. Cuatro años después fue nombrado organista en Franeker (Países Bajos), pero en la Nochebuena de 1608 había asumido un puesto como intérprete de corneta del Duque Ernst de Holstein, Bückeburg.

Debido a dificultades financieras del duque se vio obligado a salir en 1615, después de lo cual entró casi ciertamente al servicio de Eberhard Otto von Münchhausen durante tres años, como lo sugiere la dedicatoria de "Musica instrumentalis". Desde 1618 a 1622 fue organista de la iglesia de St Nicholas en Estrasburgo, Alsacia, Alemania en ese tiempo. La última mención de su nombre se encuentra en un documento fechado en 1622, recomendando su nombramiento como director de un conjunto instrumental en la Escuela Latina.

Mercker parece haber sido un músico muy hábil y era versado tanto en composición como en la interpretación de varios instrumentos. Según Tobias Speccerus (en los archivos de 1620 de la iglesia de St Nicholas en Estrasburgo), Mercker tocaba órgano, trombón, corneta, flauta y viola.

Sus obras muestran un conocimiento completo de la teoría musical y buena habilidad en el oficio; a menudo sacó partido de las sonoridades ásperas, y en el "Odae spirituales binae" hizo uso eficaz de contrastantes texturas homofónicas y polifónicas. Entre sus composiciones predominan las danzas instrumentales.