La dedicatoria de su "Hortus Musicalis" (1615) indica que estuvo al servicio del Elector Palatino Federico IV hasta 1595, pero fue convocado a Heidelberg para tocar allí en las celebraciones en noviembre de 1600, octubre de 1601, agosto de 1605 y mayo de 1606. El 27 de enero de 1596 se casó en Estrasburgo, y el 23 de diciembre se convirtió en ciudadano de la ciudad. Más tarde se convirtió en tesorero de la Academia de Estrasburgo. En 1620 realizó una visita a Basilea. Gumpelzhaimer lo mencionó como uno de los laudistas más conocidos en Alemania.

Una evaluación de la importancia de "Hortus Musicalis" de Mertel, que contiene 235 preludios y 120 fantasías y fugas, se ve obstaculizada por el hecho de que los nombres de los compositores no aparecen en las piezas; es dudoso que algunas de las obras sean suyas. J. D. Mylius incluyó nueve preludios y seis fantasías de "Hortus Musicalis" en su "Thesaurus gratiarum" (1622). De las pocas composiciones originales sobrevivientes de Mertel, la mayoría son danzas. Estos son movimientos generalmente divagantes en forma de variaciones, sólo animados ocasionalmente por imitaciones y secuencias; las texturas son ligeras, sin embargo, donde es posible, los acordes se extienden de diversas maneras y las notas bajas se reproducen antes que el ritmo de manera que hay algo de movimiento en todas las partes. Sin embargo, en los arreglos vocales, muchos de los cuales son también variaciones, las notas de los acordes son generalmente pulsadas simultáneamente.