Después de los primeros años de vida en Busseto (o en Zibello), después de la muerte de su padre (21 de febrero de 1602), Merulo se trasladó a Cremona y fue asignado al hermanastro Pellegrino, un clérigo 25 años mayor que él, que lo inició en el estudio de la música y de la literatura y a tocar el órgano. El 23 de abril de 1607 fue confirmado en la parroquia de San Nicolò, donde el 2 de noviembre de 1614 Pellegrino celebró el matrimonio de Merulo con Valeria Bordigalli, unión de la que nacieron siete hijos. Merulo y su esposa compraron una casa en el distrito de Borghetto cerca de San Sepolcro, donde Merulo volvería varias veces hasta 1646.

En 1615 Merulo publicó su primera obra, "Il primo libro delle canzoni" (Venecia, 1615), dedicado a Pietro Ghirardello, un violinista aficionado noble que lo había apoyado. Entre los títulos de las canciones que hacen referencia a personajes cremoneses de la época se deben mencionar "La Ghirardella" (llamada así por el dedicatario), "La Merula" (probablemente un homenaje a sí mismo), "La Pellegrina" (tal vez referida a Giovanni Battista Pellegrino, uno de los fundadores de la Accademia degli Animosi, o a su hermano Pellegrino), "L'Orbina" (en referencia al Orbino del cornetto, activo en la capilla de los Laudes de Cremona), "La Monteverdi" (casi con toda seguridad dirigida al famoso compositor) y "La Lodi" (probablemente un homenaje a un exponente de la familia homónima).

Frontispicio de "Il Quarto libro delle canzoni" de Tarquinio Merula - 1651

Su primer puesto fue probablemente como organista de San Bartolomeo, la iglesia de los Padres Carmelitas, en Cremona, donde estuvo activo durante muchos años. El 22 de octubre de 1616 fue nombrado organista de la iglesia de Santa Maria Incoronata en Lodi y el servicio comenzó a principios de noviembre, en lugar de Alessandro Pinchirolli, con un contrato por tres años. Confirmado en ese cargo el 8 de febrero de 1620, Merulo consiguió un aumento el 5 de febrero de 1621, pero recibió su último pago el 18 de febrero, cuando solicitó regresar a Cremona. Aproximadamente desde 1622 hasta fines de 1625 Merulo fue a Varsovia al servicio del rey de Polonia y de Suecia Segismundo III Vasa. El que estableció un vínculo entre Merulo y la corte polaca fue probablemente Giulio Osculati, maestro di cappella de la Incoronata di Lodi, que había trabajado allí durante muchos años.

Durante los años pasados en Polonia Merulo publicó seis colecciones (de la Op. II a la VII), de las cuales las dos primeras, mencionadas en el manuscrito Bresciani, se han perdido: "Il canoro aprile", una colección de música para voz solista y bajo continuo (1622) y las "Canzonette a tre voci" (1623). En 1624 vieron la luz dos libros de música profana y uno de música sacra. En el frontispicio de "Il primo libro de madrigaletti a tre voci" (Op. IV) Merulo se califica organista de la iglesia y de la cámara del rey de Polonia y Suecia y músico de la cámara del dedicatario de la obra, el príncipe Ladislao Sigismondo. La dedicatoria está fechada en Venecia el 14 de junio de 1624. Cuatro días antes Merulo había firmado la dedicatoria de "Il primo libro de madrigali concertati" (Op. V, Venecia, 1624) para el rey Segismundo III, mientras el 15 de junio aparece la dedicatoria de "Il primo libro de motetti e sonate" (Op. VI, Venecia, 1624), dirigida a Cesare Gonzaga, futuro duque de Guastalla, un amante de la música sacra de quien Merulo recuerda haber estado al servicio.

Entre las composiciones de Varsovia, la más innovadora es la Op. VII, "Satiro e Corisca" (Venecia, 1626), un diálogo a dos voces extraido del "Pastor Fido" de B. Guarini (Acto II, escena VI) y musicalmente hecho en el estilo de la 'seconda prattica'. Caracteriza la entonación de Merulo el uso del recitativo silábico y de pausas sabiamente colocadas para lograr una sensación de énfasis. Dedicada a los patriotas cremoneses Alessandro y Giovan Pietro Bonetti, la obra probablemente ya se había representado en la corte de Varsovia durante el verano o el otoño de 1625. La impresión incluye un soneto en honor de Merulo de Giovanni Valentini, músico de la corte cesárea anteriormente activo en Varsovia. En el frontispício Merulo se califica por primera vez como 'cavaliere', título reportado en todos los frontispicios de sus obras posteriores, que quizás le fue conferido por el propio rey de Polonia entre el 15 de junio de 1624 y el 20 de noviembre de 1626.

Edición discográfica de obras de Tarquinio Merula

Volviendo a Cremona, Merula fue elegido el 18 de febrero de 1626 maestro di cappella provisional para los Laudi della Madonna, que tuvieron lugar en el altar mayor de la catedral los sábados y en las vigilias de las fiestas Marianas. Sucedía en este cargo a Galeazzo Sirena, y fue confirmado el 13 de enero de 1627. En 1628 estaba desempeñando también el puesto de organista de la iglesia colegiada de Santa Agata. Probablemente la mayor parte de las piezas del "Libro secondo de concerti spirituali" (Op. VIII, Venecia 1628) fueron compuestas para las celebraciones vespertinas de esta capilla. La colección está dedicada a Bartolomeo Sfondrati, noble cremonés y príncipe de la Accademia degli Animosi. Como se indica en el frontispicio, en ese momento Merulo también era organista en la iglesia colegiata de Santa Agata en Cremona. En 1630, debido a la plaga, Merulo perdió a su esposa, a tres hijos y al medio hermano Pellegrino. Más tarde se casó con una Lucía, que le dio tres hijas y murió entre 1641 y 1646.

Su siguiente movimiento fue a Bérgamo, donde el 12 de abril de 1631 firmó un contrato de tres años para servir como maestro di cappella de Santa María Maggiore, como sucesor de Alessandro Grandi, quién había muerto en la plaga de 1630. El 17 de abril, por lo tanto, fue sustituído por Giovanni Battista Minzio en la Capilla de los Laudi, aunque se le aseguró el reintegro en el cargo en caso que volviera a Cremona. Merulo tomó el servicio en Bérgamo el 1 de mayo, comprometiéndose en la reorganización de la capilla diezmada por la peste; inmediatamente se ganó el aprecio de sus superiores y obtuvo un aumento salarial.

Entre 1631 y 1632 apareció su "Secondo libro delle canzoni" (Op. IX), conocido sólo gracias a dos reimpresiones venecianas de 1639 y 1655. Entre los títulos de las canciones, "La Benaglia", "La Caleppa" y "La Corsina" se refieren a tres presidentes del Consorcio de la Misericordia Mayor y "La Cancelliera" a Marc'Antonio Benaglia, canciller de la Misericordia. El título "La Fontana" podría referirse a Benedetto Fontana, organista en la misma institución en la época de Grandi. A pesar del prometedor debut el 28 de diciembre de 1632 fue de repente despedido y sustituido por Fermo Bresciani, arcipreste de Seriate. Merulo reaccionó duramente, enviando, el 3 de enero de 1633, una carta en la que acusaba al Consejo de la Misericordia de incumplimiento contractual. El Consejo reveló entonces que Merulo había sido despedido por su comportamiento, considerado deshonesto y escandaloso hacia los escolares e invitó a los miembros a reunir pruebas para procesarle.

En ese momento apareció el "Secondo libro di Madrigali e altre musiche concertate" (Op. X, Venecia, 1633), por cuya dedicatoria al gobernador de Bérgamo Cosimo Borbone, se sabe que Merulo dirigía la Academia de Música del dedicatario. El Op. X tuvo dos reimpresiones, en 1635 y en 1644, esta última con el título "Musiche concertate e altri madrigali", para enfatizar las innovaciones estilísticas de la colección cuando el madrigal estaba llegando a su decadencia. En el frontispicio de las reimpresiones Merulo es todavía erróneamente calificado como maestro di cappella de Santa Maria Maggiore. Amenazando con un pleito para recuperar su sueldo perdido, se enfrentó a su vez con la perspectiva de una denuncia criminal presentada por el cuerpo gobernante de Santa María Maggiore. El 11 de abril de 1633 el asunto estaba resuelto por medio de una declaración suya en la que se disculpaba y abandonaba todo reclamo de su sueldo. El 19 de agoso de 1633 Merulo escribió a los prefectos de la catedral de Cremona pidiendo volver a ocupar su puesto y el 16 de diciembre fue reelegido, sucediendo a G. B. Minzio. El 11 de abril de 1635, sin embargo, envió un memorándum a los prefectos quejándose de la disminución del salario y la obligación de informar a los músicos ausentes y pidiendo a los prefectos que pagaran los honorarios de los músicos. La solicitud no fue aceptada y Merulo, despedido el mismo día, el 12 de mayo fue sustituido por Nicolò Corradini.

En los años siguientes, Merulo estuvo en contacto con los círculos musicales de Imola y Bolonia. Antes de marzo de 1637 publicó la colección de salmos, motetes y letanías titulada "Pegaso" (Op. XI), dedicada a Ferdinando Millini, obispo de Imola, de la que seconserva sólo la reimpresión de Venecia de 1640. Privado de un trabajo estable, en este período Merulo trató de consolidar sus relaciones con la nobleza de Cremona. En 1637 vio la luz el "Terzo libro di Canzoni overo Sonate" (Op. XII), dedicado a Giovanni Battista Visconti, decurión de Cremona; incluso los títulos de algunas canciones, como "La Trecca", "L'Arisia" y "La Loda", hacen referencia a personajes del ambiente cremonés. En 1638 publicó la colección de música vocal profana "Curtio precipitato" (Op. XIII), en cuyo frontispicio el nombre de Merulo aparece sin indicación de algún cargo. La obra está dedicada a Giovanni Battista Barbò, marqués de Soresina, maestro de campo de la milicia y príncipe de la Accademia degli Animosi. Algunas composiciones de esta colección se incluyeron más adelante, modificadas o enriquecidas con nuevos textos, en una colección de "Canzonette spirituali" destinada al oratorio filipino de Chiavenna (Milán, 1657).

El 1 de julio de 1638 Merulo recibió un pago como organista de la catedral de Bergamo, donde permaneció al menos hasta junio de 1640, cumpliendo también funciones de maestro di cappella. El mismo año publicó el "Concerto decimo quinto nel quale si contiene messe, salmi di piu sorti, concertati in diversi modi, con instromenti, e senza" (Venecia, 1639), dedicado a los prelados y a los canónigos de la catedral de Bérgamo, en cuyo frontispicio se califica como académico Filomuso, maestro di capella y organista de la catedral de Bérgamo. Es probable que el poeta y compositor Roberto Poggiolini, de quien Merulo había puesto música a tres poemas en el segundo libro de madrigales, entre 1638 y 1639 haya introducido a Merulo en la Academia boloñesa de los Filomusi. Las mismas calificaciones vuelven en el "Arpa davidica… Salmi et messe a 4" (Op. XVI, Venecia, 1640), dedicado a Luigi Grimani, obispo de Bérgamo. El hecho de que el arpa del rey David figure en la insignia de la Accademia dei Filaschisi, fundada en Bolonia en 1633, sugiere una relación entre Merulo y la naciente institución. Merulo se define de nuevo como maestro di cappella y organista de la catedral de Bérgamo en la reimpresión del "Primo libro de madrigaletti" (Op. IV, Venecia, 1642). En Bérgamo, sin embargo, le surgieron nuevos problemas: el 14 de abril de 1642 sus empleadores anteriores de Santa Maria Maggiore por hostilidad hacia Merulo prohibieron a los músicos de su capilla tocar bajo su dirección, rompiendo así el acostumbrado intercambio de músicos entre las dos iglesias.

Entre 1643 y 1645 Merulo estaba en Padua como maestro de la capilla privada del obispo Giorgio Corner, un organismo musical independiente de la catedral y activo en el palacio episcopal. El 1 de noviembre de 1643 recibió 144 liras por salario como maestro di cappella, mientras que el 15 de noviembre fue encargado por el obispo de 'regular la música y mover la batuta' durante la ceremonia de investidura de un monje en el monasterio de San Bartolomeo, pero la tarea fue suspendida por la reacción de los canónigos de la catedral, que se sintieron privados de su poder para asignar este tipo de asignaciones a los de músicos. Hacia fines de 1643 Merulo, en colaboración con otros músicos (Arcangelo Crivelli, Filiberto Laurenzi, Alessandro Leardini, Vincenzo Tozzi y Benedetto Ferrari), compuso cinco escenas del primer acto de la ópera "La finta savia" sobre libreto de Giulio Strozzi, representada el 1 de enero de 1644 en el teatro de los Ss. Giovanni e Paolo en Venecia, propiedad de la familia Grimani, a la que pertenecía el obispo de Bérgamo Luigi, dedicatario del Op. XVI de Merula. Desde el 14 de marzo de 1644 al menos hasta el 22 de abril de 1645 Merulo fue maestro de canto de los clérigos del seminario de Padua.

De regreso en Cremona, Merulo sucedió en 1646 como prefecto de los músicos de la Accademia degli Animosi al fallecido Nicolò Corradini. El 16 de agosto fue nombrado organista y maestro de la Capilla de los Laudi della Madonna; superado un concurso, el 25 de agosto obtuvo el cargo de organista de la catedral durante nueve años, donde fue confirmado en 1654, sin dejar de recibir pagos desde marzo de 1655 hasta agosto de 1661 y desde noviembre de 1661 hasta noviembre de 1665. Ocupó así el último de estos puestos por tercera vez, y mantuvo ahora los tres hasta su muerte. Era miembro de la Accademia dei Filomusi de Bolonia y Caballero de la Espuela Dorada.

El 27 de noviembre de 1646 se casó en terceras nupcias con Caterina Quinzani. En 1651 publicó "Il quarto libro delle canzoni" (Op. XVII.), dedicado al conde Nicolò Ponzoni, antiguo príncipe de la Accademia degli Animosi y en esa época de la Accademia Erculea; el año siguiente también apareció su última colección, "Il terzo libro delli salmi e messa concertati" (Op. XVIII, Venecia, 1652), dedicado al padre Evangelista Commenduli, general de los monjes de San Girolamo y su protector.

Merulo murió en Cremona en la parroquia de San Donato; fue enterrado el mismo día en el altar del Ss. Crucifijo en la iglesia de Santa Lucía de la Orden de los Padres Somascos.

En el palacio episcopal de Cremona se conserva un retrato de Merulo, de autor anónimo, que se remonta a 1655, mostrándolo vestido como caballero de Malta, preparándose para componer un canon sobre el texto "Non omnibus clarum est", mientras que sobre la mesa se encuentran dos libros de música dedicados al rey y al príncipe de Polonia, como prueba de la importancia que revistió su carrera en la corte polaca. Entre sus alumnos estuvo Giovanni Battista Mazzaferrata quien, en el prefacio de sus "Sacri concerti a voce sola" (Milán, 1661), recuerda haber sido discípulo de Merula.

Merula fue particularmente sensible a los desarrollos estilísticos venecianos, y su música sacra es completamente progresista. Los conciertos sacros para pocas voces se parecen a los de Monteverdi en sus líneas hábilmente trabajadas, a menudo ricamente embellecidas, como puede verse en ex.1. Fue uno de los primeros en escribir motetes solos con acompañamiento de cuerdas. Sus conciertos sacros para más voces están escritos en el estilo de Giovanni Gabrieli, con líneas armónicamente concebidas, movimiento tonal fuerte y claridad formal. A mediados de los años-1630 Merula volvió a escribir música de misas y de salmos de vísperas, algunos de los cuales usan bajo ostinato.

La música secular de Merula comprende monodias, diálogos y madrigales acompañados e incluye algunas de las composiciones más bellas de su tiempo. Sus arias son en el estilo veneciano de Berti y Grandi y normalmente están en metro triple. Su música instrumental comprende obras para teclado y conjunto. Los canzonas para conjunto están entre sus obras más significativas y marcan el desarrollo de la forma sobre los años 1650, incluyendo la fusión gradual con la sonata que llevó a la sonata da chiesa.. Su obras para teclado supervivientes muestran similitudes con las de Frescobaldi y Michelangelo Rossi. Fue uno de los mejores y más progresistas compositores italianos de su generación, aventajado en música vocal e instrumental.