El padre de Sebastiano Moratelli, Giovanni Battista, residió en Vicenza, y este es el lugar de nacimiento de su hijo que aparece en la Gazzetta privilegiata de Vicenza (1827). A partir de los registros de finales del siglo XIX de los Archivos parroquiales de Noventa, se desprende que la familia Moratelli era una de las más destacadas de la ciudad. Se desconoce dónde tuvo lugar la formación musical de Moratelli; tal vez, al menos en una segunda fase, en Venecia, ya que el 15 de abril de 1657, fue unánimemente asumido entre los cantores de la capilla de San Marcos como contralto. El sueldo, inicialmente de 60 ducados anuales, se incrementó a 100 el 27 de julio de 1659. No puede descartarse que el contralto '[Se]bastian[in]o di S. Marco' que se exhibió en Gorizia y en Trieste en septiembre de 1660 ante el emperador Leopoldo I fuese Moratelli; y esto podría estar relacionado con su traslado a Viena. En los años sesenta y setenta, su nombre aparece entre los músicos a sueldo en la corte de la emperatriz viuda Eleonora Gonzaga, tercera esposa de Fernando III: además de ser miembro de su capilla (a partir de 1662), fue profesor de música de la hija, la archiduquesa Maria Anna Josefa de Habsburgo. En el ambiente culturalmente muy animado de la corte imperial, caracterizado por una fuerte apertura a la música y los músicos de Italia, Moratelli -miembro, entre otros, de la hermandad española de la Iglesia vienesa de San Miguel- gozaba de una consideración especial que le permitió en 1674 dirigirse a la emperatriz viuda en favor de su hermano Matteo, que permanecía en Italia.

Después de la boda, que tuvo lugar en octubre de 1678, entre la archiduquesa Maria Anna Josefa y el príncipe heredero del Palatinado Johann Wilhelm II del Palatinado-Neuburg (más tarde, a partir de 1690, elector palatino), Moratelli, por orden de la emperatriz viuda, siguió a la pareja a Düsseldorf y luego pasó al servicio de la corte palatina (sin embargo retuvo el título y el sueldo de 'músico de cámara de S.M.C.'); así es definido, por ejemplo, en el libreto de su "Didone" de 1688, y nuevamente entre 1691 y 1694 aparecía entre los pagados de la capilla imperial. Correspondencia entre el elector y el Emperador Leopoldo I revela que Moratelli estaba proporcionando a la corte con música dramática para el Carnaval hacia 1681. En noviembre de 1685 acompañó al elector y a su esposa a Viena, y viajó allí de nuevo en 1689. Fue en esta tercera fase de su carrera, transcurrida, hasta su muerte, en la corte palatina de Johann Wilhelm, que Moratelli se estableció como compositor, sobre todo de música teatral, convirtiéndose en una figura de gran importancia tanto en el ámbito musical como religioso: designado Kapellmeister no más tarde de 1687, obtuvo así el título de 'cappellano di corte' (la primera certificación es de 1685), luego 'cappellano d’onore dell’elettrice' (por lo menos desde 1688) y, en torno a 1695, consejero eclesiástico del elector.

Edición discográfica de la serenata "La Faretra Smarrita" de Sebastiano Moratelli

En el verano de 1680 Moratelli estaba en Aquisgrán y el 5 de junio envió una nota al príncipe Filippo Gugliemo, padre de Johann Wilhelm, para felicitarlo por el nombramiento de su hijo Wolfgang Georg como obispo de Colonia; sin embargo, unos meses más tarde, tuvo que regresar a Düsseldorf: una carta escrita el 25 de marzo de 1681 por el emperador Leopoldo I al príncipe elector muestra que una "operette" [sic] suya había sido representada en Düsseldorf en el carnaval anterior. Este es el primer testimonio relacionado con la actividad de compositor de Moratelli, que continuó en el campo teatral durante unos quince años, en su mayoría vinculado a celebraciones y favorecido por el patrocinio de Giovanni Guglielmo.

Con motivo de la boda, que tuvo lugar por poder en julio de 1687, entre la princesa electoral palatina Maria Sofía (hermana de Johann Wilhelm) y Pedro II de Portugal, Moratelli puso música a la serenata "L’eco in Germania al Viva del Portogallo", ejecutada en Düsseldorf, así como la ópera "La gemma Ceraunia" (texto de Nicolò Minato), puesta en escena en Heidelberg, donde también Moratelli alojó para la ocasión. El 20 de diciembre del mismo año se presentó en Düsseldorf "L’Erminia ne’ boschi", compuesta para el cumpleaños de la archiduquesa Maria Anna Josefa. En 1688 fueron presentadas "L’Erminia al campo", realizada durante el Carnaval, y "Didone", para la boda del príncipe Carlo Filippo, luego repuesta en Düsseldorf en 1692. Para la celebración del matrimonio de Giovanni Guglielmo en segundas nupcias con Anna Maria de Medici en 1691, Moratelli compuso los "Intramezzi musicali" (en "I Florali") y la serenata a siete "I Bianchi e Neri". Siguieron, siempre en Düsseldorf, las "Fiori da spargersi" en el cumpleaños de S.A.E. serenísima Johann Wilhelm (19 de abril de 1692), los dramas "Damone e Pithia" (Carnaval de 1694), "I giochi olimpici", ovvero "Che fingendo si prova un vero affetto" (26 de julio de 1694, para el onomástico de la electora) e "Il fabro pittore" (Carnaval de 1695 ), ópera basada en la vida del pintor holandés Quentin Metsys (la puesta en escena fue probablemente relacionada con la reciente creación de la Pinacoteca dela corte, creada por Johann Wilhelm). Siempre en los años noventa aparece la serenata "La faretra smarrita" y la introducción celebrativa "Amore vestito per ben comparire" en el día solemne del nombre de S.A.E. Johann Wilhelm.

Esta producción, a la que idealmente estaría unida la música compuesta para la capilla de la corte -nada ha llegado- es conocida casi exclusivamente a través de los libretos: sólo sobrevive la partitura manuscrita de "La faretra smarrita": el estilo es semejante al de Antonio Draghi, activo en Viena en los mismos años en que trabajó Moratelli, con una predilección por la coloratura virtuosística; no se puede sino dar crédito a Giorgio Maria Rapparini, el autor de casi todos los libretos de la música de Moratelli, que en su "Portrait du vrai mérite dans la personne de monseigneur l’Électeur palatin" hace hincapié en que 'les récitatifs ont été considérés par la naturalesse et la force de l’expression qu’il y donnoit' (1709, Düsseldorf, Universitäts- und Landesbibliothek). De Moratelli el mismo Rapparini ofrece un sugestivo retrato humano, destacando en particular la modestia (donde se recuerda la prolongada resistencia a la intención del elector de conferirle el nombramiento como maestro de capilla), así como el altruismo con que condujo la capilla de la corte tratando de destacar el talento de sus músicos más que el suyo. El mismo desinterés, unido evidentemente a un fuerte vínculo emocional con la familia de origen, impulsó a Moratelli a exigir al elector (septiembre de 1691) una pensión vitalicia para su hermano Mateo y la esposa de este, Francesca Romanelli, residentes en Vicenza. Dos años más tarde se esforzó por el cuñado de Matteo, Stefano Romanelli; y a principios de los años noventa, se hizo cargo en Dusseldorf de su sobrino Giovanni Battista, hijo de su hermano Matteo. Durante el servicio en la corte palatina Moratelli tuvo que residir principalmente en Düsseldorf, con estancias esporádicas y cortas en otros centros del ducado (como Heidelberg y Neuburg), principalmente relacionadas con los movimientos de Johann Wilhelm, en la doble función de kappellmeister y de capellán de la corte. En noviembre de 1685 y en el verano de 1689, el elector lo llevó a Viena.

Desde 1696 Moratelli acusó problemas de salud, por lo que la conducción de la capilla de la corte se convirtió en una carga; Johann Wilhelm encomendó la supervisión a un 'protector', en la persona del conde Adam Diamantstein, mientras que la dirección musical estuvo a cargo de Johann Hugo von Wilderer, que en 1700 sería sucesor de Moratelli en el papel de kappellmeister. Moratelli solicitó poder volver a Italia; el elector activó los contactos diplomáticos necesarios para satisfacer su deseo, asegurándole una jubilación adecuada: escribió a los embajadores y a la emperatriz (9 de febrero de 1696) y al emperador (10 de febrero de 1696) a fin de que Moratelli continuara recibiendo los honorarios pagados por a corte Imperial; lo mismo hizo en 1699. Sin embargo, el retorno a la madre patria no se produjo: Moratelli, que se retiró a Heidelberg, probablemente murió allí entre agosto y septiembre de 1706, como lo atestigua una carta de su hermano Mateo al príncipe elector, de fecha 26 de septiembre. El 27 de octubre fue celebrada en Bolonia una misa en su sufragio, promovida por la Academia Filarmónica, a la que había sido agregado en 1697.

Documentos existentes indican que como músico Moratelli era muy estimado por sus contemporáneos. Rapparini declara que compuso varias óperas y serenatas y lo alabó sobre todo por la naturalidad y el poder expresivo de sus recitativos. Todo su trabajo de composición que incluye varias óperas y serenatas, hasta hace poco estaba perdido. Afortunadamente, no hace mucho se encontró en la biblioteca nobiliaria de los condes Toerring-Jettenbach de la antigua capital palatina la partitura de una serenata, “La Faretra smarrita” (El carcaj perdido), fechada en torno a 1690, en la que Mercurio y Amor buscan la simbólica aljaba del caprichoso dios-niño, perdida no se sabe dónde. La serenata fue escrita, evidentemente, para festejar algún acontecimiento familiar de la condesa Anna María. Pese a no ser una obra extensa, permite apreciar que Moratelli no era un compositor mediocre, y que se alababan con razón la expresividad de sus recitativos, la belleza de muchas de sus arias, su variada instrumentación (en este caso, con reiteradas llamadas a flautas dulces, oboes y trombón, que enriquecen la base de cuerda) y la brillantez de sus ritornelos.