Según la autobiografía de Quantz, Naudot estaba entonces entre los flautistas activos en París. Fue descrito por Walther (1732) como un 'floreciente' flautista francés, y en 1739 fue uno de tres flautistas (con Lucas y Michel Blavet) cuyo ‘raro talento' para la flauta impulsó al poeta Denesle a dedicarles su poema "Syrinx, ou L'origine de la flûte". Aunque parece claro que Naudot era bien conocido en París como intérprete, no se sabe donde tocó; quizás lo hizo principalmente en salones privados, pues las dedicatorias de muchas de sus obras muestran que tenía varios alumnos aristocráticos y burgueses, y patrocinadores. Puede haber enseñado a tocar zanfonía y musette, así como la flauta.

Naudot era francmasón, y el 7 de mayo de 1737 fue elegido 'superintendente de música' para la logia de Coustos-Villeroy; el mismo año sacó la primera colección de canciones  masónicas que apareció en Francia. Entre 1726 y 1742 publicó una larga serie de composiciones, principalmente para flauta; después de esto aparecieron menos regularmente, y después de 1752 no publicó nada más. Cuando murió en 1762, un documento oficial lo describió como un 'maestro de flauta y de música'. 

Edición discográfica de obras de Jacques-Christophe Naudot

Entre las composiciones de Naudot, son de importancia especial los conciertos para flauta del Op 11, probablemente publicados entre 1735 y 1737, que fueron la segunda colección de conciertos de flauta impresos que apareció en toda Europa (sólo precedidos por los VI Concerti a flauto traverso, Op 10, de Vivaldi). En estos conciertos Naudot demostró ser un maestro del concerto italiano y de un estilo técnicamente avanzado de flauta, lleno de rápidas carreras de escalas y figuración de acordes quebrados. Las primeras sonatas para flauta sola y continuo de Naudot, generalmente en cuatro movimientos, ya mostraban una inclinación hacia este estilo. A través de su Op 9 había desarrollado un nuevo tipo de tercer movimiento en tempo moderato, llamado 'Aria', que fue adoptado por sus contemporáneos Boismortier y Blavet. En sus últimas obras para flauta Naudot de vez en cuando se aproxima al estilo galante en sus movimientos lentos, y sus movimientos rápidos se volvieron más claramente fraseados, concisos y ligeramente fluidos.

Aparte de sus obras para flauta, Naudot produjo una colección de sonatas difíciles para zanfonía y continuo (Op 14), de las cuales tres explotan paradas dobles más ampliamente que las obras de cualquier otro compositor para el instrumento, una colección de conciertos diseñado  principalmente para zanfonía o musette  solos (Op 17), dedicada al virtuoso de zanfonía Danguy l'aîné, y varias piezas ligeras para zanfonías o musettes. También publicó dos libros de piezas simples para dos cornos de caza o trompetas y, en su colección de canciones masónicas, dos marchas para cornos de caza, flautas, oboes y continuo y su única obra vocal conocida, un "Duo pour les Francs-maçons".  Aunque Naudot escribió mucha música frívola, sus mejores obras fueron importantes contribuyendo al mayor virtuosismo  que la flauta estaba ganando en la música francesa en los años 1730 y ayudando a fortalecer el papel del estilo italiano y del concierto con solista en la literatura francesa de  los instrumento de viento y madera.