Es probable que estudiara con el organista de la universidad, Johann Nikolaus Bach -más conocido como el Bach de”Jena”-, que sabía lo suficiente como para permitirle probar una de sus composiciones en el nuevo órgano de la iglesia central de la ciudad; la afinación de Bach, sin embargo, fue encontrada más cantable. Entre 1710 y el 2 de septiembre de 1720, cuando fue nombrado kapellmeister en Königsberg, cargo vacante desde 1707, Neidhardt estuvo otra vez en Bernstadt, así como en Breslau, donde es conocido por haber dado una conferencia sobre temperamento. Luego permaneció en Königsberg hasta su muerte, enseñando órgano y versificación a los estudiantes universitarios, además de su escritura y funciones oficiales.

Poco se sabe de sus obras musicales y literarias. Están sobre todo sus escritos sobre el temperamento musical, que han contribuido a su importancia en la historia de la música. Junto con Werckmeister, Neidhardt perfeccionó el arte de los temperamentos prácticos a principios del siglo XVIII. En 1706 había publicado su “Beste und leichteste Temperatur des Monochordi”. Un defensor de los temperamentos circulantes (aquellos que son más consonantes en las teclas más utilizadas, y progresivamente menores en las más distantes), quería que sus más de dos docenas de temperamentos se aplicaran con flexibilidad. Al parecer fue un compositor activo durante toda su vida; sus pocas obras existentes incluyen ajustes corales, y algunos salmos y cantos sagrados publicados.

Neidhardt propaga allí señalando la necesidad de las posibilidades de la completa transposición en todas las claves, el llamado 'igual temperamento'. El aliento que recibió en esto, entre otros, de Johann Kuhnau y Johann Mattheson, y especialmente de Andreas Werckmeister, que apareció póstumamente en su “Musicalisches paradoxal Discoursen” de 1707, pretendiendo haber sido el primero "en hacer esta propuesta". A través de los años Neidhardt propuso varios modelos de temperamento ("para una gran ciudad", "para una pequeña ciudad", "para el pueblo"), que se debe adaptar a la norma local de calidad y en consecuencia a las habilidades musicales de los músicos. Neidhardt llama, a partir de los más bajos estándares en las iglesias de los pueblos, al uso inflexible de igual temperamento en la música de la corte.

La publicación de 1724 del temperamento "para una gran ciudad" de Neidhardt se ha aplicado a la regulación del temperamento del órgano Trost en la iglesia del castillo de Altenburg de 1736 a 1739 y también se utilizó de nuevo en la restauración de 1974 hasta 1976. La construcción de órganos de fines del siglo XX conoce otros ejemplos en los que se ha usado este tipo de temperamento en restauraciones de instrumentos históricos o en los nuevos edificios en estilo histórico. Algunos ejemplos son el órgano Arp-Schnitger en la Martinikerk en Groningen (Países Bajos), que fue elegido para su restauración por Jürgen Ahrend en 1984 basado en Neidhardt (System „für eine große Stadt“), así como el nuevo Sonnenorgel de la evangélica Pfarrkirche St. Peter und Paul en Görlitz (reconstrucción del órgano perdido Casparini), que fue construido en 1994/97 por el organero Mathis en un nuevo edificio restaurado.

Johann Georg Neidhardt fue aparentemente un activo compositor a lo largo de su vida; sus pocas obras existentes incluyen piezas corales, y algunas piezas de salmos y canciones sacras. Sus composiciones existentes apenas se elevan por encima de la música promedio, de circunstancia, presentada en su tiempo.