Probablemente vivió en Inglaterra por un tiempo (su nombre aparece en 1732 en una lista de subscriptores a un volumen de música de clavicordio publicado en Londres.

Se desconocen las circunstancias de su inmigración a las colonias americanas. Pachelbel estaba viviendo en Boston, Massachusetts en la primavera de 1733, cuando le pidieron ayudar en la instalación del nuevo órgano de la Iglesia de la Trinidad en Newport, Rhode Island. El instrumento fue donado a la Trinidad por George Berkeley, el famoso filósofo. Pachelbel fue contratado seguidamente como organista de la iglesia y mantuvo el puesto  hasta aproximadamente mediados de 1735. En 1736 Pachelbel dio dos conciertos públicos en Nueva York: 21 de enero y 9 de marzo. Los dos tuvieron lugar en la casa de Robert Todd, una taberna importante. Pachelbel tocó el clavicordio, acompañado por músicos locales y cantantes.

Pachelbel abandonó pronto el cargo para irse a Charleston, Carolina del Sur, donde pasó el resto de su vida. El 16 de febrero de 1737 se casó con Hanna Poitevin en St. Philip's Church en Charleston. La pareja tuvo por lo menos un hijo, Charles, nacido  el 10 de septiembre de 1739. Éste podría ser el segundo matrimonio de Pachelbel, porque se han encontrado rastros de una hija mayor.  Participó activamente en la vida musical de la ciudad: el 22 de noviembre de 1737 organizó un concierto de música vocal e instrumental, al parecer el primer concierto público en el área de Charleston, en febrero de 1740 sucedió a John Salter como organista de St Philip's Church, y en 1749, un año antes de morir, abrió una escuela de canto. La muerte de Pachelbel en 1750 fue causada al parecer por una enfermedad llamada "defecto en las manos" en los documentos (posiblemente artritis). Su esposa lo sobrevivió 19 años y murió el 6 de septiembre de 1769.

Sólo un puñado de obras de Charles Pachelbel sobrevive; la más famosa es un aria,  "God of sleep, for whom I languish" (Dios de sueño, por quien yo languidezco). Su "Magnificat" para coro doble se ha interpretado con alguna frecuencia. El joven Peter Pelham estudió con él desde Newport y lo siguió a Charleston; algunas de las composiciones de Pachelbel sobreviven en libros de partituras de Pelham. St. Philip en Charleston después se quemó  y se reconstruyó en una ubicación diferente. .