Provenía de una familia de músicos, como su tío David Janszoon Padbrué (1553-1635) que trabajaba como laudista en Leiden y era compositor. En 1610, él y su hermano -ambos tocaban la chirimía- entraron en la compañía de "stadsspeelluiden" (músicos de la ciudad) de Haarlem. Cornelis Padbrué sucedió a Jan Wsz. Lossy, que fue sin duda su profesor, en el puesto de primer músico en 1629, llevando desde entonces el título de 'master'; también enseñó clavicordio a los ciegos de la parroquia de la Iglesia Reformada.

En 1630 publicó "Kusjes" (Besos), que comprende madrigales sobre traducciones holandesas de las poesías eróticas "Latin Basia" del holandés Janus Secundus (1511-1536) y forman parte del exiguo repertorio de madrigales sobre textos holandeses. Parece haber peleado con frecuencia, especialmente con otros músicos de la ciudad, y esto llevó a las autoridades a destituirlo en 1635, acusado también de haber cometido un acto impropio con una costurera. A partir de entonces se mantuvo como músico independiente, y poco más se sabe de su vida. No hay más relación de sus servicios, pero todos sus volúmenes conocidos de música se publicaron después de esta fecha y ninguna música que date de los últimos 24 años de su vida ha sobrevivido.

La única colección en la que se conservan todas las partituras es la "Kruisbergh"; los "Kusjes" (reeditado en Amsterdam, 1641), algunas canciones sacras, y partes de "De tranen" también están suficientemente completas como para permitir la evaluación de su producción. Este último es, lejos, el más maduro e importante de los volúmenes existentes de Padbrué; es además el único ejemplo sobreviviente del 'stile rappresentativo' compuesto en Holanda. Padbrué publicó varias colecciones de madrigales y motetes sobre textos, entre otros, los poetas Jacob Westerbaen y por los pintores de Haarlem Salomon de Bray y Pieter de Grebber. También compuso la música de teatro para las obras de Joost van den Vondel. Fue alrededor de 1633 que Vondel le envió un poema, invitándolo a ponerle música a sus poésias: "Yo zingen Wil, ick wil Rijmen" y "O genoeghelijke Tymen".

La melodía muy conocida de la ronda "'O Kerstnacht! Schoonder dan de dagen", sobre la tragedia de Vondel "Gjisbrecht van Amstel" es atribuida a Padbrué. Padbrué fue sin duda el compositor de la música de teatro (à cuatro voces) de la pieza “Gebroeders” (Los hermanos) de 1640 del mismo Vondel. Por otra parte, también aparecieron impresas dos "Symphonias" instrumentales suyas, que constan cada una de una pavana y una gallarda. Además publicó colecciones de danzas en 1642 y hacia 1644 (perdidas).

La obra principal de Padbrué fue el oratorio "De tranen Petri ende Pauli" (Las lágrimas de Pedro y Pablo) de 1647, también sobre un texto de Vondel. Es considerado como el primer oratorio nor-europeo, pero por desgracia no toda la obra ha sobrevivido. La música de Padbrué muestra una técnica consumada (la "Kruisbergh" incluye un motete para ocho voces, cuatro de las cuales están en canon), pero es estilísticamente anticuado en sus frecuentes madrigalismos, más descriptivo que expresivo. Él mismo escribió los textos de algunas de sus piezas. Padbrué mostró todo tipo de influencias internacionales, y en la mayoría de los niveles sus obras eran diferentes de otras producidas en ese tiempo, pero la expresión de las palabras o "madrigalismo" era siempre el factor más importante para él. Al igual que Padbrué, algunos compositores comenzaron a practicar más el tipo de madrigal holandés: Joan Albert Ban, Cornelis de Leeuw, Joan Du Sartet, Anthony Pannekoeck publicaron luego obras dedicadas exclusivamente a ese repertorio. Fue enterrado en la Sint-Bavokerk en Haarlem.