Hijo de Peter Paix, Jakob estudió con él el órgano. Su padre era de origen holandés y sirvió como organista de St Anna en Augsburgo aproximadamente desde 1548 hasta su muerte en 1567. En 1576 Jakob se hizo organista de St Martin, Lauingen an der Donau en Swabia; se casó con Anna Neunhofer el mismo año. En Lauingen Paix también enseñó en la Lateinschule y en el Gymnasium real. Puesto que su sueldo no le permitía mantener a su familia de diez hijos, postuló, sin éxito, en 1595 al puesto de organista de la Catedral de Ulm. En 1609 llegó a ser organista en la corte ducal en Neuburg an der Donau, donde organizó a los intérpretes instrumentales y sirvió en la cancillería de la iglesia. Paix parece haber dejado Neuburg en  junio de 1617, cuando  fue restituido el Catolicismo, para vivir en un área  protestante.

Paix no es importante por sus obras vocales, que siguen prácticas tradicionales, sino por su música para teclado, sobre todo la tablatura del órgano (en nueva tablatura alemana) de 1583, una fuente importante de música de teclado alemana en la segunda mitad del siglo XVI. En el prólogo Paix defendía el uso extenso del dedo pulgar para sostener una nota de armonía y dejar así los otros dedos libres para la ornamentación. Justificaba los intervalos perfectos paralelos en la escritura instrumental diciendo que uno no estaba obligado a seguir las reglas usuales para la composición vocal.

El libro empieza con 26 motetes que incluyen 13 de Palestrina y 7 de Lassus. Siguen dos fantasías que parecen ricercares y otro motete de Lassus, luego 27 canciones populares francesas, alemanas e italianas, principalmente seculares, suyas y de otros. 30 danzas y dos canzoni alla francese (de Ingegneri) cierran la obra; Paix incluye passamezzos, saltarellos, pavanas, galliardas, branles y danzas alemanas. . Paix copió al parecer danzas de "Chorearum molliorum collectanea" de Phalèse (1583) y del "Primo libro de balli" de Mainiero (Venecia, 1578).

La tablatura de 1589 contiene 24 motetes en nueva tablatura alemana colocados según la modalidad.